根据规划，昆明国家生物产业基地将依托昆明高新区及其周边的智密区，建设核心区。核心区将由中心区和配套支撑区两个部分组成，其中中心区总面积11平方公里，由昆明高新区总体规划范围内已建成的2.5平方公里的“昆明现代生物制药产业园”、近期开发的2.5平方公里的新建区以及已规划并交由昆明高新区负责开发的“现代新昆明新城高新技术产业基地”内6平方公里生物产业发展区组成。中心区以扶持具有重大带动性和示范性的生物技术企业，引导生物产业向聚集化、专业化和特色化发展为目标。配套支撑区将充分利用已富集在昆明主城及周边的重要驻滇科研院所、高校、大企业集团的创新体系和研究平台等智力资源，形成对中心区技术、人才的有效支撑。