“大规模的煤层气开发虽然已经起步，但仍面临着不少困难，还有很长的一段路要走。”业内人士、相关企业和地方官员均发出类似感叹。目前，还存在不少制约煤层气产业发展的因素，需要制定出台相关的配套措施加以推进。
煤层气与煤炭两种矿权设置重叠
在我国，煤层气属于国家一级管理矿种，矿权设置由国土资源部管理，而大部分煤炭资源的探矿权和采矿权由所在地政府管理，这一制度设计不可避免的出现了煤层气与煤炭两种矿权设置重叠的问题。
以资源大省山西为例。目前，山西的煤层气区块已经全部登记完毕，在38个区块中，中石油拥有19个，中联公司12个，中石化4个，其他公司3个。于是就出现了这样的现实：出于煤矿安全考虑必须先采气后采煤，而有的煤企煤层气地面抽采获得较大进展，气井数量达到一、两千口，抽采量达到数亿立方米，但煤企无法获得煤层气矿业权。
据了解，到2007年，全国煤层气矿业权面积为6.5万平方公里，与煤炭矿业权重叠的就有1.2万平方公里，涉及260个煤炭探矿权和1100个煤炭采矿权。
有煤炭企业抱怨，个别拥有煤层气矿业权的企业不积极勘探、开采，甚至“跑马圈地”、“久占为探”；而矿井接续问题迫在眉睫，煤炭企业却毫无办法。
煤层气公司则表示，煤炭企业只申请采矿权，顺便抢占煤层气资源，但不申请煤层气采矿权进行正规开采，个别无证企业在其他企业已探明的煤层气储量区开采煤层气。
国家相关部门也已注意到这一问题，国土资源部为鼓励煤层气开发曾专门下发《关于加强煤炭和煤层气资源综合勘查开采管理的通知》，明确提出有关煤炭和煤层气矿权重叠问题的双方应进行协商，但实际效果并不理想。这一问题的真正解决，看来还需要一段时间。
煤层气开发以谁为主体
“先采气、后采煤”，还是“采煤采气一体化”？争论的核心是，煤层气开发是以煤炭生产企业为主体，还是依仗煤层气开发公司？
煤层气开发企业认为，煤层气是一种宝贵资源，我国煤层气资源非常丰富，最新一轮油气资源评价成果表明，全国煤层气资源量为36.8万立方米。从有利于资源开发的角度，必须“先采气，后采煤”。
煤炭企业则认为，单纯进行地面煤层气开发，会破坏煤层和顶板，沟通含水层，极易诱发煤炭生产过程中的顶板事故、透水事故、片帮事故等，从而危及煤炭的安全生产。所以要“采煤采气一体化”，首要目的是根治瓦斯灾害，确保煤矿安全生产；根本方法是井下井上(地面)同采，抽采利用并举，“采煤采气一体化”，实现“地质勘探、采前抽、采动抽、采后抽”一井多用。
煤企的观点是，煤层气企业考虑采气后煤炭开采问题的动力不足，不能由采气企业决定煤炭的开采规划。一位煤炭企业负责人表示，从热值和经济效益考虑，按100的份额计算，煤炭占99%，而煤层气只占1%。他指出，过分强调煤层气的经济效益，可能会扰乱煤炭的开发规划，从煤炭所占我国能源供应主体地位而言，应该充分考虑到这一点。
相关规范和标准缺位
在油价不断上调时，具有价格优势的煤层气燃料汽车却时常“断炊”，司机只能望气兴叹。由于缺少相应规范和标准，今天运气车不让上高速，明天加气站停产整顿；由于没有安全标准，改装后的煤层气燃料汽车在年检时不得不将煤层气罐卸下来，检完了再装上。
开发企业同样也面临着标准缺失的类似问题，比如压缩、液化等。这给行业监管，特别是安全监管带来不小压力。
晋城煤业集团沁水蓝焰煤层气公司董事长王保玉说，他们已经完成了煤层气地方标准、车用压缩煤层气地方标准的编制工作，并已由山西省政府颁布实施。同时，由国家标准化管理委员会批准，全国煤炭标准化技术委员会煤层气工作小组就设在蓝焰煤层气公司，他们已承担《民用煤层气》、《车用压缩煤层气》国家标准的制订，并参与了国家安监总局牵头组织的相关煤层气安全标准制订。
“对于煤层气这样一种新能源，标准和规范的制定和完善，需要一个较长的过程。”王保玉说，需要各级各部门、各相关企业的共同努力。
另外，还有诸如煤层气开发利用统一发展规划应尽快出台，已出台的各项扶持政策要落实到位等问题。
对于一些存在的问题与障碍，业内和专家也纷纷提出了相关建议。
比如，对于矿业权重叠问题。首先要达成一个共识，煤炭与煤层气企业要互补、联动、双赢、协调发展。本着尊重历史、考虑实际、兼顾各方利益的原则，规范煤炭、煤层气开发秩序。本着既有利于煤炭安全生产、矿井有序接续，又保护煤层气开发主体利益的原则，解决存在的问题。在未来矿业权设置中，应树立整装开发的战略思维，根据不同资源、区域和实际情况，对煤炭和煤层气矿业权进行合理配置，避免产生新的重叠问题。
国家煤矿安全监察局调度中心潘伟尔博士撰文指出，我国煤层气开发利用要想走向成熟，战略定位应该是：煤层气开发利用是促进国家节约型、安全型和环境友好型发展的新兴的能源产业；路径选择应是：确立“煤层气资源矿业权与煤炭资源矿业权分离，煤层气开发优先”、“整装煤层气资源区块必须整装开发利用”等资源配置原则；经济政策的选择应是：刺激煤层气开发商的积极性，让煤层气开发商有利可图，经济政策刺激的核心是低税、管道输送和煤层气价格支持。
