国务院部门的立法权主要表现在国务院所属部门有权制定行政规章方面。宪法第90条规定：国务院“各部、各委员会根据法律和国务院的行政法规、决定、命令，在本部门的权限内，发布命令、指示和规章。”立法法对这一规定加以发展，将“发布”变为“制定”，将“部委”变为“各部、委、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构”。立法法明确规定：国务院的这些部门可以根据法律和国务院的行政法规、决定、命令，在本部门的权限范围内制定规章，部门规章规定的事项应当属于执行法律或国务院的行政法规、决定、命令的事项。立法法还规定，涉及两个以上国务院部门职权范围的事项，应当提请国务院制定行政法规或由国务院有关部门联合制定规章。从立法理论和实践来看，国务院部门立法，按其性质而言，属于行政立法，其内容不应当超出行政管理的范围。

    规章过去一般指国家机关、企事业单位和其他社会组织的内部规则，主要是它们的内部制度的表现形式，不属于法定制度，不具有国家强制力。宪法和立法法确定国务院所属部门和地方有关政府可以制定规章后，规章在中国就不仅以内部制度的形式表现出来，更作为法的一种形式表现出来。后者的特征在于：它不是单解决单位内部问题的、以单位内部纪律为后盾的制度，而是以政府的名义制定的，以法律、法规为根据，用以调整一定社会关系，具有法的效力，以国家强制力作后盾的社会规范。

    国务院部门规章的效力等级低于宪法、法律和行政法规，这在法律上和理论上都不成问题。但部门规章与地方性法规和地方政府规章的效力等级的高低或相互关系问题，在行政诉讼法出台前，并无直接的法律规定作为判断的根据。1989年行政诉讼法规定了地方性法规是人民法院审理行政案件的正式的法的依据之一，而部门规章和地方政府规章一样，只能作为参照；法院认为地方政府的规章与部门规章不一致的，以及部门规章之间不一致的，由最高人民法院送请国务院做出解释或裁决。据此，地方性法规在效力上高于部门规章，部门规章与地方政府规章之间、部门规章之间，在效力上没有高低之分。行政诉讼法确定的这一制度，对分清部门规章与地方性法规、地方政府规章的效力等级的高低，从而有助于法制运作特别是有助于司法实践，是必要的。但这一制度也有问题：部门规章是直接根据法律和行政法规制定的，而地方性法规不得同宪法、法律和行政法规相抵触，将地方性法规与部门规章的效力等级分出前者高后者低，在逻辑上难以成立。特别是部门规章中有不少是行政法规的实施细则或实施办法，它们实际上是行政法规的具体化，如果将地方性法规的效力等级置于它们之上，地方性法规不得与行政法规相抵触的制度就难以维持。

    立法法改变了这一制度，规定：国务院部门规章与地方性法规之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人大常委会裁决；各部门规章之间、各部门规章与地方政府规章之间具有同等效力，它们对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。立法法确定的这一制度的特点在于，将部门规章与地方性法规、地方政府规章等的效力等级及其关系，置于既有法律根据又处于开放的具有灵活性的状态。这是一种有效且有益的尝试。

    应当指出，宪法没有规定国务院所属部门中除部委之外的其他部门有权制定规章，而立法法规定这些部门可以制定规章，是同宪法的规定不一致的。这种情况的存在，至少可以表明国务院部委规章和国务院其他部门规章是有某种分别的：国务院部委规章是根据宪法和立法法的双重授权所制定的，国务院其他部门规章则是仅根据立法法的授权所制定的。但从法的表现形式上说，它们无疑都属于行政规章范畴。

    国务院部门立法在中国立法体制中是一种特殊的立法，由于国务院部门实行首长负责制，其立法可以不同于其他诸多立法。但国务院部门立法作为立法的一种形式，它也应当按立法的一般要求进行，首先要有一套较为健全的立法制度。

    现行宪法和立法法，只有关于国务院部门立法权的归属、立法范围和规章制定程序的宏观规定。因此，还要继续努力，将这些宏观规定具体化，使国务院各部门立法范围、规章制定程序以及各部门之间的立法界限，都能得以尽快明晰；使国务院各部门作为立法主体所需要的其他各种相关制度，都能得以尽快健全和完善。这样的健全和完善工作，在2001年国务院公布的《规章制定程序条例》中得以相当程度的开展。