4月，国民党成立了一个专门的委员会来处理土地政策问题，毛在委员会中继续有力地论证不仅要没收地主的土地，还要没收富农——斯大林厌恶富农—的土地，要承认他们的行动是合法的。在最后一次会议上，毛提出了一个决议案，试图包容各种相矛盾的观点，但遭到了左派和右派两面的指责，左派说这个决议还不够，右派则说它走得太远了。就在讨论进行当中，传来了蒋介石在上海利用自己的盟友、流氓组织、秘密会社青红帮血腥屠杀工人和共产党领导人的消息。蒋的军队在秘密会社的帮助下，把上海置于国民党的控制下。国民党的右派在公开活动并占据了支配地位，奉蒋为超凡神授的领袖。
毛把他那激进的土地问题决议提交给4月1日举行的中国农民协会成立大会，并得到了真正具有地方组织经验的农民领袖和两名俄国共产国际顾问的支持。这次会议支持毛，选他为新的农民协会的主席。
但几天后当共产党在武汉举行党的第五次全国代表大会时，他们不愿听这些主张。毛10年后回忆说：
我今天认为，如果当时比较彻底地把农民运动组织起来，把农民武装起来，开展反对地主的阶级斗争，那么，苏维埃就会在全国范围早一些并且有力得多地发展起来。但是，陈独秀强烈反对。他不懂得农民在革命中的地位，大大低估了当时农民可能发挥的作用。结果，在大革命危机前夜举行的第五次代表大会，没有能通过一个适当的土改纲领。我要求迅速加强农民斗争的主张，甚至没有加以讨论。因为中央委员会也在陈独秀支配之下，拒绝把我的意见交大会考虑。
大会第二天，介绍毛了解马克思主义的李大钊在北京的苏联大使馆被袭击事件中被捕，并被北洋军阀处以绞刑。在武汉参加会议的同志深感震惊，也许在决议中加强了要与国民党结盟的思想，尽管有上海的大屠杀，尽管他们中的大部分人对蒋介石本人很担忧。毛的土地纲领不适合他们的观点，他的激进的论调被拒绝，毛被免去了农民部长的职务，只当选为中央委员会的候补委员而不是正式委员，这使毛很没面子。
几天后，毛托病不参加会议。他回到长沙，进行了第一次但不很辉煌的领导农民起义反抗地主及武装力量的斗争。地主们劝说湖南新军阀唐督军1发布了逮捕毛的秘密通缉令。
但毛的运气救了他。他的同事向他透露了通缉令，于是毛在5月和几个朋友逃到靠近江西的浏阳。农民在长沙附近继续没收地主土地，长沙的卫戍部队进行报复，捣毁了农会和文化书社的办事处，宣布忠于蒋介石。毛的一个密友在长沙的这次“马日事变”中被杀。结果，共产党湖南省委的大部分领导人都和毛一样逃到了浏阳，以便组织一次新的起义。
有一个报道说他们动员了30万农民准备在5月30日进攻省城，但武汉派来的一个共产党高级官员在最后关头让他们取消了这一计划。他说，进攻胜利的唯一结果是激怒唐督军，促使他向武汉推进，推翻共产党支持的武汉政府。而唐督军本来对共产党并无恶意。省委会很不情愿地同意了这个“可耻的”决定，这是毛及其支持者的看法——但这个决定太晚了，未能使几千农民免遭被长沙军队枪杀的命运。毛应陈和党的领导人的要求回武汉，这时他在中央委员会和共产国际中公开采取极左的政策路线。
左派国民党政府和共产党领导人事后都进行了调查，他们感到极度的痛苦。国民党的报告说，长沙的“马日事变”是由于农民运动的过激行为造成的，对此，毛应受到谴责。报告指出，农民协会受无视国民党和共产党的地方帮派的控制，他们只知道杀人放火。
6月13日毛写了“全国农协会临字第四号训令”，伤心地承认失败。农民运动发展很快，但“土豪劣绅猛力反攻”比预期的更激烈，“而上级机关之指导偶有不周”（对共产党和左派国民党领导人一种隐蔽的批评）。在记载了数以千计的共产党和农民在过去几个月被杀害的事实之后，毛不切实际地要农民协会“请求”国民政府保护他们，保障他们进行革命和发动一场“讨伐蒋介石”的运动的自由。
“因为土豪劣绅之气焰不灭，则创设乡村自治建立民主政权终属不可能之事，经济上之建设，更无从可以实现，而国民政府之基础亦未由巩固也。”这是一个沉痛的教训，还需要进行更彻底的革命。
在这种情况下，毛和他的妻子、孩子分开了，因为在这种政治形势下，他们住在一起太危险了。此后，他再也没有见到他的妻子，17年以后他才见到他的两个孩子。现在又有了一个孩子，这第三个男孩叫毛岸龙，但在随后的动乱岁月里失踪了。他们4个人现在都被送到毛在长沙的堂哥家里躲避。
7月，共产党最后与国民党左派决裂。共产党不再与不合适的盟友合作，他们决定在秋收后发动一系列起义，7月份召开了许多会议准备起义。在共产党为夺取权力而斗争的新阶段，毛将发挥巨大作用。
