为系统科学地保护治理抚仙湖，云南省委托中国环境科学学会组织中国环境科学研究院、上海交通大学等7家科研单位编制完成了《抚仙湖流域水环境保护与水污染防治规划》（以下简称《规划》）。2009年4月，《规划》由云南省人民政府批复实施。

　　根据湖泊水污染治理的规律，《规划》提出了“保护与治理并重，保护优先”的系统保护治理思路；并提出近期以削减抚仙湖入湖污染物为主要目标，尽快实施抚仙湖湖滨缓冲带生态建设，抚仙湖东大河流域、山冲河流域水污染治理与清水产流机制修复工程。