2008年，针对贯彻全国人大法工委出台的《对违法排污行为适用行政拘留处罚问题的意见》，以及市委、市政府就创新具体制度，建立环境保护执法的“绿色通道”，严厉打击破坏生态环境违法犯罪行为的具体要求，昆明市中级人民法院、市人民检察院、市公安局、市环境保护局经过多次协商、酝酿，制定出台了《关于建立环境保护执法协调机制的实施意见》，其目的是通过创新体制机制、整合执法资源、明确责任主体、规范操作程序、强化协调配合、突出执法效果，确保环境保护执法严格、公正、文明。

　　一是加大行政执法与刑事司法的衔接配合力度。《实施意见》规定，环境保护行政执法机关在依法查处环境违法行为过程中，发现有违反环境保护法律法规方面的问题，需要依法追究刑事责任或可以适用行政拘留处罚行为的，应当在案件调查报告审定后三个工作日内将案件移送公安机关，公安机关应及时审查处理。在依法查处环境违法行为过程中，《实施意见》规定，发现涉嫌环境保护渎职等职务犯罪时，应当及时将案件线索移送检察机关，检察机关应当在规定时限内作出审查。《实施意见》明确了在环境保护行政执法机关对重大环境违法案件查处中遇到紧急情况时，公安机关应指派干警配合工作，确保环境保护行政执法工作顺利开展。《实施意见》还规定，对环境保护行政执法机关依法申请人民法院强制执行生效行政处罚决定时，人民法院应当及时审查后作出是否准予强制执行的裁定，及时组织实施强制执行，执行结果应书面通知环境保护行政执法机关。对法院的强制执行工作，明确规定公安机关应当积极配合，以确保强制执行工作的顺利开展。

　　二是规范行政执法与刑事司法衔接的操作程序。《实施意见》对环境保护行政执法案件和涉嫌环境保护违法犯罪的刑事案件向司法机关移送、受理、时效、程序等在法律法规范围内进行了细化和明确，使之更具有操作性。如：《实施意见》明确规定，公安机关、检察机关应当自接受环境保护行政执法机关移送案件之日起三个工作日内，依法对所移送的案件进行审查，并作出立案或者不予立案决定，书面通知移送案件的环境保护行政执法机关。又如，明确规定了环境保护行政执法机关每月应当将本部门作出的行政处罚决定书抄送同级公安机关和人民检察院等等。

　　三是积极设立环境保护审判庭及相应机构。为加强环境保护执法工作，目前，在昆明市公安局设立环境保护分局，负责昆明市行政辖区内的环境保护的刑事执法，专司打击环境保护方面的违法犯罪。在市人民检察院设立环境保护检察处，综合负责办理涉嫌环境保护方面的犯罪案件的起诉，职务犯罪案件侦查、起诉，支持相关公益诉讼及环保法制宣传等职能。在昆明市中级人民法院设立环境保护审判庭，负责审理昆明市行政辖区内涉及环境保护的刑事、民事、行政和执行案件。三个机构的设置，将为全市环境保护执法工作提供强有力的司法保护。

　　四是建立环境保护公益诉讼的相关制度。环境保护公益诉讼是针对环境公共利益遭受侵害时，明确特定主体为公共利益和他人利益向人民法院提起诉讼的制度。由于环境公益诉讼在国内起步晚，立法滞后，为此，《实施意见》从诉讼主体、证据收集以及环境保护执法机关给予技术支持等方面作了原则性的规定，为依法开展环境保护公益诉讼提供了相应的操作性意见。

　　五是建立环境保护执法联席会议和联络员制度。环境保护行政执法机关、公安机关、人民检察院和人民法院每季度定期举行联席会议，就环境违法犯罪案件有关情况进行交流、沟通和协调。联席会议集中通报环境保护行政执法机关当前正在受理、调查的案件线索，以及移送犯罪案件的办理情况，共同研究解决办理违法犯罪案件过程中存在的问题以及执法中遇到的新情况、新问题。同时，建立环境保护执法联络员制度，进一步加强执法信息互通和协调工作。