制药行业是我国国民经济的重要组成部分，对我国经济总量的增长做出了重要贡献，但同时也造成了比较严重的环境污染，因此制药行业的结构调整、节能减排、清洁生产已经到了刻不容缓的时刻。

　　2008 年3季度，我国制药业的环保问题再次提上日程。8月1日，由国家环境保护总局制定的《制药工业水污染物排放标准》（下称“《标准》”）开始正式实施。《标准》按照产品、生产路线分为六类：包括《发酵类制药工业水污染排放标准》、《化学合成类制药工业水污染排放标准》、《提取类制药工业水污染排放标准》、《中药类制药工业水污染排放标准》、《生物工程类制药工业水污染排放标准》和《混装制剂类制药工业水污染排放标准》。

　　《标准》要求制药企业将污水处理到一定水平才能排向自然水体和污水处理厂，这迫使制药企业购置污水处理设备，并建设沉淀池、曝气池等相关工程，与此同时，还要加大对生产全过程的污染源头削减控制的重视，因此，制药企业将为此花费很大一笔资金作为前期设施投入。另外，《标准》中规定现有企业自2010年7月 1 日起执行新建企业水污染物排放限值，也就是说随着环保治理的推进，后期实现污染物达标要求的成本要远远高于前期实现污染物达标的成本，这意味着制药企业后期新增排污处理费用将直线上升。因此，《标准》的实施对制药企业而言是要付出高昂的成本支出，而今后制药企业的污染治理成本将会逐步成为产品成本竞争中的一个重要组成部分。