中国科学院国家基因研究中心成立于 1992 年 , 由中华人民共和国科学技术部、中国科学院、上海市人民政府共同支持建立。中心从 1993 年就开始以中国主要栽培品种籼稻广陆矮 4 号（ Oryza sativa ssp indica cv Guangluai 4 ）为水稻基因组研究品系，进行基因组研究，并先后取得了一系列学术成果。

　　1998 年 , 基因中心作为中国大陆的参与单位，加入由政府和其它公共资金支持的国际水稻粳稻（ Oryza sativa ssp japonica ）基因组测序计划（ International Rice Genome Sequencing Project ， IRGSP ），承担了第四号染色体的精确测序任务。该项目在国家人类基因组南方研究中心和中科院遗传与发育生物学研究所等单位的协作下顺利完成。

　　基因中心现有研究人员 42 名，其中副高以上研究人员 4 人，博士研究生 15 名，在职研究生 8 名。研究部门由三部分组成：测序部、生物技术部、生物信息学部。目前，基因中心已向公共数据库递交了超过 5 千万碱基的水稻基因组 DNA 序列数据。今后基因中心将以水稻以及其他动植物和微生物基因组为研究方向，开展功能基因组研究。