军事科学院科研工作的指导思想为：坚持以马列主义军事理论、毛泽东军事思想和邓小平新时期军队建设思想为指导，以新时期军事战略方针为依据，解放思想，实事求是，理论联系实际，面向现代化，面向世界，面向未来。认真总结中国人民解放军的历史经验，重视吸收外军的有益经验，继承和发展毛泽东军事思想，研究现代条件下人民战争特别是高技术条件下的局部战争，发展和完善本国的军事科学，为军委和总部决策服务，为部队建设与作战服务。其基本任务为：开展军事基础理论、应用理论和对策研究，为中央军委、人民解放军三总部决策提供咨询建议，为国防和军队建设及作战提供理论指导，为部队、机关和院校提供军事学术信息；组织协调全军开展军事科学研究；培训具有硕士以上水平的军事科研人才；负责“中国军事科学学会”的日常工作。

　　军事科学院建院40余年来，取得了许多重要的研究成果，其中主要的有：译编马恩列斯军事文选、文集,选编毛泽东军事文选、文集和邓小平军事文选,研究和编写马克思主义军事理论著作；编写和修订人民解放军合成军队条令、条例；开展国防建设、军队建设和作战重大现实问题的研究，为中央军委和总部提供了一批研究报告；撰写了《战略学》、《战役学纲要》、《国家军制学》、《中国人民解放军战史》、《中国人民志愿军抗美援朝战史》、《中国军事史略》、《孙子兵法新注》等重要军事著作；组织全军编纂了《中国大百科全书·军事》、《中国军事百科全书》、《军用主题词表》等重要工具书；运用计算机建立了若干个作战模拟系统；编译提供了大量的外军学术信息。其中，有些成果具有重要的理论价值和应用价值，有些成果填补了军事科学领域的空白，有些成果获得全国或全军的奖励。此外，还编辑发行了《中国军事科学》、《军事学术》、《国防》、《军事历史》、《外国军事学术》、《军事百科通讯》、《军事系统工程》、《军事科研通讯》等刊物，对活跃和繁荣军事科学研究起到了积极作用。同时,在计划协调全军的军事科研工作方面做了大量工作，组织全军制订了人民解放军“七五”、“八五”、 “九五”军事科研工作计划，申报了国家哲学社会科学五年规划和年度基金研究课题，开展了全军军事科研优秀成果的评奖工作，对推动和发展军事科研事业做出了贡献。