交通部水运科学研究院成立于1956年，是集科学研究、技术咨询、工程设计、产品开发和专业培训于一体的交通部直属研发机构，主要从事水运行业的宏观管理与决策、发展战略与规划、电气与自动化控制、通信与信息化、装卸工艺与装备、环境保护与安全评价等专业领域的研究、咨询、开发、设计和工程承包等业务。

　　我院目前具有环境评价、工程咨询、港口工艺设计、智能建筑设计甲级资质，并具有水运工程设计、水运工程监理、建设项目节能评价资质和职业安全卫生评价资格。2001年我院整体通过了ISO9001质量管理体系认证。

　　我院拥有交通部EDI技术服务中心、港口保安研究咨询中心、集装箱运输工程研究中心、港航法律研究中心、交通水运发展研究中心、交通水运安全研究中心、交通水运环境保护研究中心、水运安全评审中心、港口劳动安全卫生工程试验检测中心和港口机械质量检测中心；拥有一座占地15万平方米的大型综合试验场，建有“港口物流装备与控制工程 ”等交通部重点实验室和科研成果转化基地。

　　全国集装箱标准化技术委员会秘书处、中国航海学会集装箱专业委员会、中国航海学会危险品运输专业委员会、中国航海学会船舶防污染专业委员会均设在我院。

　　近二十年来，我院承担了数百项国家和交通部下达的重大科研任务，共获国家和省部级科研成果奖励120余项，专利10项，并承担了大量的港航企事业单位委托的研究、咨询、评价、设计和工程承包项目，取得了大量科研成果。

　　面对未来，交通部水运科学研究院以为交通部的决策做智力支撑、为交通行业的重大工程项目提供技术支撑为己任，以建设水运行业的国际一流科研院所为目标，重点建设科研开发、成果转化和人才培养基地，形成一流的人才队伍、一流科研条件和一流的科技成果，为水运行业科技创新与科技进步提供技术支持和优质服务，为交通实现跨越式发展做出更大的贡献。