高等教育研究所成立于 1986 年，主要承担高等教育科学理论研究、本校改革发展的调研和咨询、以及研究生培养的任务。高等教育研究所的前身是教务处辖下的高教研究室，1986 年1 月正式成立独立建制的高等教育研究所，最初设有高等教育管理、比较高等教育、高教情报研究等三个研究室。首任所长由当时的副校长 强连庆 教授兼任，党委办公室主任朱剑良兼任副所长，杜作润教授任常务副所长。

　　经过十几年的建设，高等教育研究所不断发展，在机构功能、队伍结构、工作领域、设施设备、图书资料等方面均有了很大的变化。我们立足于为学校改革发展服务，紧密配合校内各项改革开展专题研究，积极为学校的发展规划和重要决策提供信息与咨询。同时，我们也积极承接国家、上海市、学校职能部门的研究课题，取得了不少研究成果。已出版著作十多部，发表学术论文三百多篇，获国家奖一项，部委省市级奖十一项。我们与港、台及国外十多个大学或教育研究机构建立了学术交流关系，并组织召开了数次国际国内高等教育学术研讨会。 1996 年，我们被批准设立高等教育学专业硕士学位点， 1997 年开始招收硕士研究生。 2003 年又获准设立教育经济与管理专业硕士学位点， 2004 年开始新专业招生。2005年又获准设立课程与教学论专业硕士学位点，将于2006年开始招生。 1986 年高等教育研究所创办了内部刊物《复旦教育》，为学校的改革发展提供了学术交流和信息传播的平台。 2002 年 5 月，经国家新闻出版署批准，《复旦教育》与原上海医科大学的《国外医学—医学教育分册》合并，创办《复旦教育论坛》(双月刊) ，面向国内外公开发行。

　　高等教育研究所现任所长由熊庆年研究员担任。目前正式在编人员13人，其中正高职称2人，副高职称4人，中级职称6人，具有博士学位者10人。此外，在国内外聘请兼职研究人员30余人。