中共要参加国民政府，实现国共两党在政权中的密切合作，如果仍将驻地设在陕北的延安，显然会带来诸多不便；再加上由于国民政府法定首都设在南京，抗战胜利后正准备由陪都重庆还都南京。因此，中共为了就近到南京参加政府，便计划“将指导中心移至外边”，由延安迁往苏皖边区首府淮阴。对此，早在1945年8月26日，毛泽东在赴重庆谈判前夕召开的中共中央政治局会议上，就曾谈到过抗战胜利后延安的地位问题：“延安之所以重要，一因打日本，一因蒋介石在重庆，即都是偏安之局。如果蒋介石回到南京，延安就不那么重要了。当然，不要轻易搬家。”但随着“和平民主新阶段”的到来，“搬家”问题还是提上了日程。1946年1月28日，从重庆返回延安汇报工作的周恩来在中央政治局会议上提出：“将来我党参加政府时，中央要考虑搬迁问题。”2月2日，刘少奇在中央书记处讨论实施政协协议问题时指出，华中我们应该保留，也可能党中央将来搬去。朱德随即表示了相同意见。同一天，中共中央电告陈毅，要求“必须巩固华中现有地区，因中央机关将来可能迁淮阴办公”。2月6日，刘少奇在中央政治局会议上再次指出：如果改组政府确定了，党中央的工作重心会转移。因此，党中央机关要考虑搬家问题，搬到离国民党政府近些的地方。3月4日，“三到延安”的张治中对毛泽东讲：“和平实现了，政府改组了，中共中央就应该搬到南京去，您也应该住到南京去。”毛泽东回答说：“我们将来当然要到南京去，不过听说南京热得很，我怕热，希望常住在淮阴，开会就到南京。”3月中旬，毛泽东在同梁漱溟交谈时亦曾说：“中共中央准备搬到清江浦（淮阴），我也准备参加国民政府，做个委员，预备在南京住上几天，在清江浦住几天，来回跑。”中共之所以选择淮阴作为新的中央驻地，其离南京较近固然是一个重要因素，但更重要的是1945年9月淮阴、淮安先后解放后，苏中、苏北、淮南、淮北四块根据地连成一片，形成了地域宽广的苏皖边区；10月至11月，中共中央华中分局、华中军区和苏皖边区政府先后在淮安、淮阴成立，两淮遂成为苏皖边区的政治、经济和文化中心。这为中共中央的南迁奠定了坚实的基础。
中共中央初步决定南迁淮阴后，华中分局、苏皖边区政府有关方面曾做了一系列周密细致的准备工作。据时任苏皖边区临时行政委员会主席的李一氓回忆：“在淮阴的时候，我曾经得到华中局一个通知，说党中央要从延安搬到淮阴来。参加南京工作的同志有事情要开会就去南京，没有事情又不开会就可以回到淮阴的总部。中共中央的总部就要建在淮阴，就由我负责找一个适当的地方，建立中共中央总部。当时我的设想是砖木结构的平房，地势要高，不会被水淹。我也曾和少数同志到淮阴城外走过几遍，看了些地势较高的位置。”另据时任华中分局秘书处长的欧阳惠林回忆，时任华中分局秘书长吴仲超曾向自己介绍说：“党中央曾同华中分局主要负责同志谈过，如果真能实现全国和平，成立联合政府，党中央机关就打算迁驻淮阴、淮安来。那时把淮安、淮阴两城联成一片，成立‘两淮市’，作为党中央领导全国工作的中心，并从淮阴到枣庄之间修建一条铁路专线，把山东作为党中央机关依托的后方基地。蒋介石为人阴险，手段毒辣，即使实现了全国和平，我们仍须提高警惕，防备其突然袭击对我党中央机关和毛主席的谋害。党中央和毛主席决不能住在南京。两淮与南京仅一江之隔，如果实现全国和平，国共两党合作，有事协商与定期开会，毛主席就可随时到南京去开会，开完了会就回来。这样来往，十分便利，又很安全。”时任华中分局第八地委社会部部长王华的回忆也证实了这一点：当时，华中分局曾在淮安召开各地委社会部长会议，根据中央要求，准备把淮阴、淮安两个城市统一起来，建成一个城市，建设新的红色首都，与南京隔江相望，国共两党和平竞赛。据此，苏皖边区政府曾派出专人到淮阴与淮安交界的洪福乡，为中共中央机关选择驻地；华中分局也曾将所属的一些办事机构从淮安城内环境优美的蒋公馆、丁家花园搬出，并粉刷一新，准备让延安来的中央领导同志居住。淮阴、淮安地处苏北平原，中共如果从军事的角度考虑问题，显然是不会选择两淮作为新的中央驻地的。上述大量事实也充分证明，当时中共主要是从政治的角度考虑问题，是为了谋求和平、参加政府，准备同国民党进行长期合作而作出这一决定的。
然而，正当中共准备满怀信心地迎接“和平民主新阶段”的到来，积极筹划参加国民政府，南迁中央驻地之时，国民党却于1946年3月上中旬召开六届二中全会，对政协协议大加破坏。当时，“会议最突出的地方就是对政协决议的攻击以及对国民党政协代表们个人的攻击”。“总之，是对整个政协决议的不满，但不满的焦点却集中在关于修改宪法的协议”。蒋介石在会上明确要求“就其荦荦大端，妥筹补救”。最后，全会就宪草协议作出了5点修改决议，公开推翻了政协宪草协议。对此，中共随即作出了强烈反应。3月18日，中共中央向各地主要负责人发出指示，指出：国民党六届二中全会决议“不管文字上如何曲折，实质上是将政协决定的国会制、内阁制、省宪自治等基本原则完全推翻。这是一件有关中国人民命运的原则问题，是中国走民主道路还是走独裁道路的问题，各地应严重注意和警惕”。同一天，中共中央发言人亦就此发表谈话强调：“中国共产党绝不动摇地坚持政治协商会议一切决议，特别是宪法原则决议，必须百分之百实现，反对有任何修改。”面对中共的强烈反应，蒋介石亦是一不做二不休，4月1日在国民参政会上发表演说称：“政治协商会议在本质上不是制宪会议，政治协商会议关于政府组织的协议案，在本质上更不能代替约法。”“如果政治协商会议果真成为这样一个性质的会议，我们政府与全国人民是决不能承认的”。这样，蒋介石从否定政协会议本身入手，进而公开否定了整个政协协议的合法性。在这种情况下，国共谈判很快陷入停顿，战后中国所曾一度出现的“和平民主新阶段”也由此一去不复返了。
随着“和平民主新阶段”出现顿挫，国共两党所关注的焦点逐渐从实施政协协议转到战场上的军事较量，战争取代谈判重新成为国共解决政争的主要手段。1946年5月3日，国民党军方派飞机几次到淮安上空盘旋、侦察；5月14日，又派飞机低空扫射清江机场。与此同时，上海国民党报纸不断散布“武力收复苏北”的反共言论，已经还都南京的蒋介石更是“卧榻之侧，不容他人酣睡”，明确要求中共撤出苏北。在这种情况下，无论是从政治还是军事角度考虑，中共显然已不可能将其驻地从延安迁往淮阴，拟议中的南迁计划自然也就在无形中取消了。
