1935年到1938年间，日本又派军舰占领了南沙群岛。1939年3月1日，日本将西沙、南沙群岛一并占去改为“新南群岛”，隶属当时日本占领的台湾高雄州高雄市。直至抗战胜利后，中国政府根据《开罗宣言》规定收复台湾、进而在1946年12月收复南海诸岛，并于次年测绘出了南海诸岛地图，其中所标示的四大群岛名称，已与今天地图完全一致。
但南沙主权危机仍未彻底解决，重返印度支那的法国，仍有进军南沙群岛的企图。当投降日军尚在等候遣返时，法国就赶在中国部队进驻之前占领了南海若干岛屿，并经常派军舰在南海巡逻。
1946年10月，法国军舰“切弗鲁德”号侵占南沙群岛的南威岛和太平岛，并在太平岛竖立石碑。对国民政府决定收复西沙、南沙群岛，法国还提出抗议，并派军舰“东京”号到西沙群岛，航至永兴岛时发现岛上已有中国军队驻守，于是改航至珊瑚岛，并在岛上设立了行政中心。
刚取得独立的菲律宾，也想赶在中国未完全接收西沙、南沙群岛之时下手。时任菲律宾外长季里诺于1946年7月23日声称：“中国已因南沙群岛之所有权与菲律宾发生争议，该群岛在巴拉望岛以西200海里，菲律宾拟将其合并于国防范围之内。”
疆线与海权
南沙主权纷争，也是“二战”后中国与苏联、印度等国间多起边界认定争议之一。为此，民国政府内政部于1946年7月18日设立内政部方域司，复旦大学地理系教授傅角今担任司长。
方域司负责测量勘查中国疆界、处理疆界纠纷、调整勘测行政区域划分等事宜，成立后即首先筹划收复南海诸岛事宜，同时对南海诸岛各岛群名称作了调整，按照诸岛所处地理位置，将“团沙群岛”改名“南沙群岛”、原“南沙群岛”改名“中沙群岛”。
方域司完成的另一件要务，是印制了《南海诸岛位置图》。该图在南海海域中标有东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛和南沙群岛，并在其四周标定了一条由11根断续线组成的U形线，后改为10条，其中南海9条，东海台湾与琉球群岛之间一条。
此环抱着东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛和南沙群岛的U形国界线，最南端标在北纬4°曾母暗沙附近。这就是在中国南海地图上正式标出的U形断续线，被通称为“传统疆域线”，中国南海领土范围也由此具体化了。
方域司勾画南海疆界时，世界海权理念也在急剧变化。不久前，美国依靠“二战”中快速发展的海洋勘察技术，于1945年在墨西哥湾发现了分布在得克萨斯州沿海“大陆架”和海床中的石油。同年9月28日，当世界许多国家都还不知“大陆架”为何物时，美国总统杜鲁门就发表了《大陆架公告》，主张美国“对邻接其海岸公海下大陆架地底和海床的天然资源拥有管辖权和控制权”。（美国《大陆架公告》）。
由于美国面向两洋的大陆架宽度，大多自然延伸200海里到300海里之间，而南美一些在南太平洋海岸的国家，在加勒比海地区与美国海洋接壤、却又没有同样宽度大陆架的国家，海洋权益势必因此受损。为此，这些国家“创造”了一个与美国“大陆架宽度”大体相似的概念，即200海里领海权。
两个月后。墨西哥宣布其领海在183米等深线以内，尔后阿根廷、智利、秘鲁、哥斯达黎加、萨尔瓦多等国相继确认了200海里领海权。
“九段线”定型
此时的中国，海洋技术勘测不足，也不知“大陆架主张”会带来哪些权益和后果。只是水道测量和岛礁勘测，显然无法按照美国《大陆架公告》的逻辑和技术规范发布《南海大陆架公告》，同样也不能按照南美国家口径，提出200海里领海权主张，于是只能以公开出版版图、归属行政管辖和发布岛礁名称对照表等形式，为南海断续国界线获得国际社会的承认提供国际法依据。
1948年2月，中华民国内政部公开发行《中华民国行政区域图》，向国际社会正式宣布了中国政府对南海诸岛及其附近海域的主权和管辖权范围。其上用断续国界线来表示，“充分考虑了海洋的连通性和南海是太平洋交通要道的特点。”（许森安《南海断续国界线的内涵》）
此后，中华人民共和国政府审定出版的《南海诸岛图》和《中华人民共和国全图》，也同样标绘了南海断续国境线，只是在1953年将11段断续线去掉北部湾、东京湾2段，改为9段断续线，地理位置上稍有调整。这就是俗称“九段线”的当代中国南海疆界线。
但南海主权之争仍未就此消停。1951年的《旧金山对日和约》，在最后草拟阶段忽然推翻了以往对中国南海主权的所有认定，仅写日本放弃对西沙和南沙群岛的一切权利，却没有明确指出将其归还中国。祸根由此种下：二战前中国与东南亚殖民宗主国日本、法国之间的争议，由此转变成了二战后中国与新独立的东南亚邻国之间的争议，直至现在。
