（二）从新四军最初领导人的配备来看，叶挺担任军长是国共协商妥协的结果。
抗日战争爆发后，蒋介石被迫接受中国共产党提出的国共合作的主张和将红军改编后开往敌后抗战的要求。
1937年8月，西北红军主力改编为八路军之后，国民党又被迫同意把南方游击队改编为一个军，开赴华中敌后抗战。但是，国民党为了把这支部队控制在自己手里，提出要派陈诚或张发奎任军长。中国共产党为了坚持对这支军队的绝对领导，拒绝了这一要求，提出由彭德怀或叶剑英担任军长。而陈诚、张发奎都不愿到新四军任职，于是陈诚和国民党元老李济深向蒋介石推荐叶挺担任军长。叶挺这时已不是中共党员，这样国共双方都能接受。因而国民党抢先任命叶挺为军长，并且根据叶挺的建议，将这支部队命名为“国民革命军陆军新编第四军”，即新四军。
叶挺脱党10年的瑕疵，在他出任新四军军长前夕，几乎淹没了他过去的光荣和贡献。“他对党对革命还能忠诚一致吗？”“他还能接受党的领导吗？”这些疑问，不仅是中共中央领导人与叶挺，也使项、叶之间无形中形成了一道鸿沟，最初都是对叶挺抱有“走着瞧”的态度。这一点从任命叶挺为军长的来往电文中可以明显地看到。
在延安时，虽然叶挺表态在今后一定遵照中国共产党所指示的道路走，在中共中央领导下坚决抗战到底，叶挺后来也是这样做的。但中共中央在关于新四军成立的文件中，对新四军的副军长、政治部主任、参谋长……等都列名作了明确安排，唯独没有叶挺任军长的文字。当时项英正在延安，中央对叶挺的一时疑虑，不可能不影响到他。
从组织上说，由于叶挺不是党员，中共新四军军分会和东南局召开会议决定大事，按规定不是中共党员的叶挺是不能参加的，有时被邀请，也只能是列席。当时中央的电报，凡属东南局的都先送给项英，凡属军队的一般都先送给副参谋长周子昆，由他们决定送给谁。这样，很多电报叶挺是看不到的。叶挺本人也十分清楚自己的处境，表示“在党的组织外，但愿在党领导下进行工作”。项英既是新四军实际上的政委（“国军”不设政委），又是中国共产党的东南局书记，在当时党内军内的地位也是叶挺无法相比的，在新四军具有最后决定权。
在新四军军部，军分会副书记陈毅、参谋长张云逸两人职务较高，资格较老，可远在江北；政治部主任袁国平、副参谋长周子昆从党性、感情方面出发，自当站在项英一边，这样皖南新四军的领导权实际上落在项英一个人身上。由于叶挺特殊的身份，实际上无法有效实施军长指挥权，施展抱负，因而曾于1938年、1939年两次从新四军辞职出走，这使得叶、项关系比较微妙，指挥作战自然不能密切协同。中央也认识到这个问题，先后派李一氓、周恩来到皖南做两人的工作，起到了一定效果，但没有从根本上解决问题。项英在坚持南方三年游击战争时，积累了丰富的游击战经验，但缺乏指挥正规兵团作战的经验。叶挺则相反，他受过正规军校的系统训练，具有高度的军事素养，参加过北伐战争，擅长正规攻防作战，但没有经历过游击战，对其缺乏认识。
本来，项英、叶挺两人团结协作、密切配合、取长补短，将叶挺的正规战指挥艺术和项英的游击战丰富经验融为一体，是很适合新四军以正规部队为作战单位、开展敌后游击战争的，可在江南大展宏图。但可惜叶、项间思想不统一，协调配合不够，各自的优长没有得到发挥，导致了一系列严重后果。在皖南事变前期，新四军皖南部队还有正规作战能力时，如果在叶挺指挥下强力突破国民党军星潭防线，新四军将起死回生，但当时由项英指挥，“七小时会议”的犹豫不决错过了战机。后期在石井坑突围时，叶挺在明知没有外援的情况下，坚守阵地打正规战，毫无突围希望，最后还是靠游击战分散突围，保留了部分骨干。
叶、项在作战指挥上的不协调，表现在与国民党军激战的关键时刻，两位最高指挥员不在一起，互相寻找，直接导致了高坦激战时难以实施及时统一的指挥，并致项英等上山出走之错，给部队造成了更大损失。由此可见，叶、项之间的矛盾并非个人间的恩怨，而是由于组织原因、个人经历、性格素养和地位境遇不同产生的。叶挺1938年秋离开军部时，曾给李一氓留过一封亲笔信，说是“居士不适于当一个大庙的方丈”，意思是不是共产党员，不好当共产党军队的军长。后来，当叶挺得知项英牺牲后，虽身陷囹圄，仍评价“项英也是一有志向才干的英雄”，并且认为“他的重大失误不是与我合作不好。”
