天花之外，有很多非官方的史书，认为同治皇帝少年风流，私生活不够检点，沾染了严重的性病。这些疾病与天花协力，摧毁了这个少年天子。而史家们争论不休的，就是谁该对同治皇帝的放荡负责。在这些责任人中，公认的、首当其冲的就是慈禧太后和恭亲王。
慈禧太后被攻击的理由，是因为她过度干预了儿子的房帏秘事。传言她并不喜欢皇后阿鲁特氏，以至于同治皇帝不敢与皇后同房，却也不愿按照慈禧的心意，去临幸她所钟意的慧妃(富察氏)，于是，经常独宿养心殿，为了解闷，便开始偷偷溜出宫去寻花问柳。而为了防止被官员们撞上，他还不敢去高级娱乐场所，尽选择那些低档的、官员们不常去的地方，结果沾染了一身的性病。
恭亲王被攻击，则因为正是他儿子载澂，充当了皇帝寻花问柳的伙伴。而恭亲王又以从儿子那里逼问得来的实情，作为向皇帝进谏规劝的砝码，导致与皇帝关系紧张，双方关系搞僵，恭亲王不久被同治皇帝以“无人臣礼”为由，予以“双开”(取消亲王爵位、撤去一切职务)，引发轩然大波。
接班人选
出来混，迟早要还的，同治皇帝终于病倒了。在他病重无法办公的时候，任命了自己的老师李鸿藻代行批答奏章，李鸿藻很谨慎，只敢批示“知道了”、“交该部议”等废话。一周后，在亲王们的请求下，同治皇帝同意，除了汉文奏章让李鸿藻代批外，恭亲王代批满文奏章。慈禧太后则召集军机和御前大臣，发表了重要讲话，谈了一个小时之久，大意就是皇帝如今都无法亲自批阅文件，要大家想想办法。恭亲王带头表示，自然还是要请太后出来掌舵。慈禧指示“此事体大，尔等当先奏明皇帝”。次日，同治在病榻前召见恭亲王，亲自交办该事，“天下事不可一日稍懈，拟求太后代阅折报”，并叮嘱恭亲王“照常好生办事”，“语简而厉”。随后，就发布上谕，由太后批阅裁定折件，恭亲王到手才5天的文件审批权，就又消失了。
比文件审批权更重要的，当然是接班人的问题。
同治皇帝死后，有关其接班人的选择乃至争论过程，在正史中没有任何记载，而在野史中，却存在许多不同的版本。
说法之一，是当时皇后阿鲁特身怀有孕。果如此，当然必须等待她的临产，如果所生是男孩，继承人问题迎刃而解，如果所生是女孩，则再另行挑选接班人。史家经常引用的一段“野史”，说是慈禧当时表示：“皇后虽已有孕，不知何日诞生，皇位不能久悬，宜即议立嗣君。”
恭亲王则认为：“皇后诞生之期已不久，应暂秘不发表，如生皇子，自当嗣立，如所生为女，再议立新帝不迟也。”
其他王公大臣也几乎赞同恭亲王的意见，但慈禧却坚决反对：“现在南方尚未平定，如知朝廷无主，其事极险，恐致动摇国本。”
这个说得有鼻子有眼的段子，其实连野史都称不上，其来自两个英国人写的《慈禧外纪》(China under the Empress Dowager)，而这本初版于1910年、畅销世界数十年的“历史巨著”，已经被无可争辩地确定为“伪书”----一部彻头彻尾的历史小说而已。两位作者创作同治皇后怀孕的灵感，估计就是来自于那与中国御史们一样“风闻报事”的《纽约时报》驻华记者。
说法之二，同治皇帝曾想立孚郡王之子、贝勒载澍为接班人。据说同治已经要求其师傅李鸿藻在病榻前起草这一传位诏书。但这一说法同样源自《慈禧外纪》，被国内大量辗转摘引后，添油加醋，最后说是李鸿藻心中害怕，起草完后就到慈禧那里去汇报，慈禧一看大怒，下令将皇帝“尽断医药饮膳”，活活饿死了这亲生骨肉、少年天子。
说法之三，是同治皇帝选择了自己寻花问柳的哥们、恭亲王之子载澂。据说，因此之故，当同治皇帝驾崩，慈禧召集领导班子商议接班人大事时，恭亲王居然说了句：“我要回避，不能上去。”这一说法，来自陈夔龙的《梦蕉亭杂记》。但日后官至直隶总督的陈夔龙，当时还在老家刻苦攻读迎接高考呢，这当然也是道听途说。
说法之四，则是从下一辈的“溥”字辈选择，这一辈居长的是当时6岁的溥伦(后出任农工商大臣，拥护共和)，但溥伦的父亲载治却是从远房过继给隐志郡王奕纬(道光长子，咸丰皇帝和恭亲王的长兄，早夭)的，不是近支亲室，血统不纯。这说法，同样源自于《慈禧外纪》而被广为转载，极不可靠。
