深圳迄今已有６０００年的历史。据有关地下考古挖掘和地面古代遗址的资料表明，深圳的历史源远流长。在大黄沙、大梅沙沙丘遗址发现的陶器、石器显示，早在五六千年前的新石器时代，就有人类生息在这片美丽富饶的土地上。 创造了深圳光辉灿烂的历史文化。

　　早在１６００年前，深圳地区就曾有过移民浪潮，内地人曾为开发新安立下了汗马功劳。在东官郡所辖六县中，第一个就是宝安县，县治与郡治同在一处，系江海交通要冲，海防军事重镇。新安故城开创了深圳城市发展的源头，成为深圳地区政治、经济、文化生活的中心。历史的变迁经常表现在“分久必合，合久必分”。新安故城的发展变化也是如此。梁天监六年（５０７年），东官郡改为东莞郡，陈将郡治移至增城。唐肃宗至德二年（７５７年），将宝安县名改为东莞，县治从南头移到今天的东莞市。到了五代，宋、元以后，深圳在行政方面的隶属关系都发生过一些变化。今天我们所看到的南头城，即明城洪武二十七年（１３９４年），广州左卫千户崔皓在原旧城址上修建的“东莞守御千户所城”。明万历元年（１５７３年）从东莞县又分设新安县，以该所城为县城。

　　据历史文献记载 深圳市的历史可分为４个时期：

　　
　　归附时代：(即未独立建县时代，史前–公元１５７３年)距今四、五千年的夏、商年代，生活在深圳区域的百越部族，称为“南越部族”。秦始皇统一中国并在岭南设置了南海、桂林、象郡三郡，谪徙５０万人进行开发，这时属于南海郡的深圳，便纳入中国的版式图，也融合了中原文化。东晋咸和６年，置辖地六县的东官郡，其范围包括珠江三角洲及惠潮一带，郡治在宝安县。隋朝开皇１０年，东官郡被废，宝安县改属广州，到唐朝至德２年宝安县更名东莞县，县治从南头迁往东莞。宋朝期间，深圳不但是中国南方海路贸易的重要枢纽，而且是食盐产区，香料亦很出名。至元朝，这里出产的珍珠，已十分著名。明洪武２７年，深圳设立了东莞守御千户所及大鹏守御千户所的防御性卫所组织。稍后，在南山半岛又设立了南头寨，是“虎门之外卫，省会之屏藩”，为一庞大的军事机构，中国出使南洋，舰队开航前必到深圳赤湾天后庙祭祀祷告，方可成行。

　　建县时代：（公元１５７３年–１８４１年）明万历元年，朝廷取“革故鼎新，转危为安”之义，在东莞守御千户所基地进行扩建，建立新安县治。范围包括今天的深圳市及香港地区，经济上以产盐、种植茶叶、香料和稻米为主。清朝初期，为防郑成功及明代遗民在沿海进行抗清活动，实行沿海省份内迁５０里的“迁界”之举，新安县有２／３的土地曾一度纳入东莞县，后至康熙２３年始复原界。

　　县境分割时代：（１８４２年–１８９８年）公元１８４２年即清道光天化日２年７月２４日，中英签订不平等的《南京条约》，使新安县的香港岛被英国占领。公元１８６０年即咸丰１０年１１日，新安县的九龙半岛也因《北京条约》而被迫割让给英国。公元１８９８年即光绪２４年４月２１日，清政府又与英国签订《展拓香港界址专条》，又将新界租给英国，为期９９年。此后，新安县原有的３０７６县，县治仍在南头。抗战时期，南头在日本南侵下沦陷，宝安县政府迁往东莞县。当时的深圳虽然成为日治区域，却有支威震南疆的东江游击纵队在山岭活动。全国解放后的１９５３年，因深圳联接广九铁路，交通便利，人口聚居较多，工商业比较兴旺，便将宝安县治东迁至深圳墟。深圳建墟是在清朝初年。由于这一带水泽密布，田边又有一条大水沟，故取名深圳。

　 建市时期：１９７９年２月，国务院发布３８号文件，提出在若干年内把深圳建设成为相当水平的工农业结合的出口商品生产基地；建设成为吸引港澳游客的旅游区；建设成为新型的边境城市。３月，中央和广东省委决定把宝安县改为深圳市，受惠阳地区和省委双重领导。１１月，中共广东省委决定，将深圳市改为地区一级的省辖市，直属省领导。１９８０年５月，中共中央和国务院发出４１号文件，明确指出要积极稳妥搞好特区建设，并将“出口特区”改为“经济特区”。从此，深圳正式定为“经济特区”。同年８月，全国人大常委会通过颁发了《广东省经济特区条例》，对外宣布“在深圳、珠海、汕头三市，分别划出一定区域，设置经济特区”，１０月，广东省委宣布恢复宝安县建制，同时宣布深圳市的政治待遇与广州市相同。１９８８年１１月，国务院正式批准深圳市在国家计划中包括财政计划实行单列，并赋予其相当于省一级的经济管理权限。

１９９２年７月，全国七届人大常委会第２６次会议通过决议，授予深圳市人民代表大会及其常委会和深圳市人民政府有制订法律和法规的权力。

　　１９９２年撤消宝安县建制，设立深圳市宝安、龙岗两个市辖区，于１９９３年１月１日正式挂牌。１９９８年设盐田区，３月３０日挂牌办公。

　　现有罗湖、福田、宝安、龙岗、盐田、南山６个市辖行政区，２４个街道办事处，１９个镇。