但是，英国官方依然奉行“维稳原则”，希望能保留中国的帝制，而日本则担心共和运动波及自身，也赞同保留皇室。莫理循对此极为不满，他在《泰晤士报》上报道了袁世凯对英国和日本态度的担心，公开要求英国政府不必支持中国的皇室。这篇报道在英国引起极大的反响，英国外相训令驻华公使朱尔典：“我们希望看到一个强大，统一的中国，无论它采取何种政体，悉听中国人民自愿。”自此，英日两国协调了步骤，不再公开反对共和制，为袁世凯当国扫平了道路。
莫理循与袁世凯的亲密关系，为他赢得了大量的独家新闻报道。1912年2月12日，清帝逊位。而当天的《泰晤士报》，已经刊登了莫理循的报道，题为《王朝的终结》。考虑到撰稿、发电报及报刊编辑印刷的作业时间等，莫理循的消息，至少比同行们提前了1天以上，这被后世称为“当年的独家新闻”。随后，莫理循又独家报道了袁世凯剪辫子等更受一般读者欢迎的八卦新闻，从细微之处记录了一个时代的巨大变迁。
“半中国人”
在对袁世凯“在整个危机中始终表现出惊人的洞察力，在操纵本国人民方面表现出令人叹服的手段”深表钦佩的同时，莫理循对孙文似乎并无任何好印象。
在他写给《泰晤士报》编辑的信中，记载道：“袁世凯对我说，他认为像武昌的黎元洪，是他的行动引起了革命；张謇，共和内阁的农业总长，一位正当盛年的能力非常杰出的人；还有伍廷芳和其他人，是‘真正的中国人’，他们都赞成他。而那些‘半中国人’像孙逸仙那种对自己的国家很少了解的人，看起来似乎不赞成他。”
从莫理循的信件来看，他对袁世凯将孙文称为“半中国人”的评价，显然是赞同的。在另一封写给报社的信中，莫理循说：“孙中山迄今给人们良好的印象。人们认为孙中山随身携带巨额的外币，因此对他有好印象。很难说这一假象在多大程度上是由于他使人们相信他带回了巨款。据我了解，实际上什么钱都没有带来。一旦此事为人所知，人们很可能会对他产生反感。”当孙文回国时，他的确故意放风说自己携带了大量的资金，这令他在“革命威望”之外，更成为众多“革命者”争相拉拢和效忠的对象。
认为孙文不懂中国国情，在当时不只是袁世凯一人。张謇也曾说：“（孙文）于中国四五千年之疆域、习俗、政权因革损益之递变，因旅外多年，不尽了澈，及各国政治风俗之源流，因日在奔波危难之中，亦未暇加以融会贯通。”
黎元洪则认为：“世人对孙逸仙有错误的认识。在推翻清王朝的革命中他根本没做什么实际的工作。他返回中国时，革命已经结束。除了一些道听途说的模糊印象外，我几乎没有听说过他这个人。除了听到一些他的煽动性演说外，我也不知道他的政治观点。我对他的认识只有这么多，我认为他是个空想家。南方党（或共和党）决定以南京为首都建立一个名义上的政府。此举是为了在道义上影响国内外视听。他恰好到了上海，做了名义上的总统。当时真正的革命领袖找各种理由拒绝临时大总统的职位，因为他们认为这一职位不会存在很长时间。孙逸仙离开中国时间长，与这里的任何势力均无关联。他在国外名气很响，因此他似乎适合这个位置。我从未听说他对革命工作提供过什么实质性的帮助。他的名声在很大程度上是虚构的……”
1912年初，袁世凯与孙文之间的博弈进入关键阶段。１月19日，袁世凯会见英国公使朱尔典，提出由清廷授予他全权组织临时政府；或临时政府暂设天津。但这一建议遭到了以铁良为首的满清强硬派抵制。南方的“临时大总统”孙文也表示，一旦清廷退位，政权同时消灭，袁世凯不得在民国未举之先，接受满洲统治权以自重。有意思的是，孙文的“临时大总统”，是由“临时参议院”选举出来的，而临时参议院的参议员则是由各省督军或真正的实力派指定的，其合法性始终存在巨大的问题。
袁世凯没理孙文的茬，在清帝的退位诏书上，出现了这样的解释：“袁世凯前经资政院选举为总理大臣，查兹新旧代谢之际，宜有南北统一之方，即由袁世凯以全权组织临时共和政府与民军协商统一办法。”此时的中国南北，出现了两个临时政府，并且都在合法性上存在严重的缺陷。
实力决定一切。清帝退位后，孙文辞去了“临时大总统”一职。但吊诡的是，原本竭力主张“总统制”的孙文，突然改弦更张，要求实行“内阁制”。这两种制度的区别，在于总统的权力。民国初建时，孙文自认为首任总统非他莫属，而宋教仁则在积极争取当上中国的首任内阁总理，因此，宋教仁主张采用法国式的内阁制，但孙文坚决反对，认为内阁制会架空总统，而要求采用美国式的总统制，赋予总统极大的权力。最终，孙文如愿以偿。
如今，孙做了两个月的“临时大总统”，要让位给袁世凯，突然坚决地提出，要修改约法，改行内阁制，让总统成为荣誉头衔。同时，孙文又突然提出必须定都南京、袁世凯必须到南京就职等新的条件。
袁世凯当然不愿意穿孙文给他定制的“小鞋”，莫理循在此时痛斥孙文“破坏协议，那是不能容忍的”。莫理循建议袁世凯，效仿古希腊马拉松之战中争夺总指挥位子的做法。当时，为了解决希腊军队的指挥权纷争，10位雅典将军进行投票，结果每人都认为自己最为胜任，将自己的名字放在第一位，而把原先的总指挥米尔泰底的名字放在第二位，结果他们的选票互相抵消，最后还是米尔泰底当选。莫理循建议可以让各省来投票，他们一定会将自己的省会作为首都，将北京作为第二选择，到时北京一定能胜出。
这一“高招”，袁世凯并未采用。他采用了最直接的办法：同意南下，但忽然间，北京就发生了兵变。在巨大的国内和国际的“维稳”压力下，孙文只好同意袁世凯在北京宣誓。
在共和的名义下，对于权力争夺的不择手段，正在为这个新生的民国埋下了无尽的灾难。
袁世凯当选总统后，莫理循被聘任为总统特别顾问，成为袁世凯22人外籍顾问团成员之一。
在出任这一重要职务之前，莫理循最后一次以记者名义回到英国。对于刚刚年过半百的莫理循来说，这一次英国行在他的人生中十分重要：一是为袁世凯和新生的中华民国辩护和宣传，驳斥那些认为民国混乱无希望的舆论，二是迎娶他的新娘。
1919年，中国作为战胜国，组团出席巴黎和会，莫理循也随团赶赴法国，为捍卫中国利益与日本进行对抗。不久，莫理循病倒，赶回英国进行治疗，并于次年在那里去世，享年仅58岁。此时的中国依然处在内战的混乱之中，交战各方都高举着革命的大旗……
