1949年11月1日，根据《中央人民政府组织法》第十八条规定：中国科学院成立。

中国科学院是中国最高学术领导机构的综合研究中心，首任院长为著名历史学家、考古学家郭沫若，副院长为李四光、陶孟和、竺可桢、陈伯达、吴有训等。中国科学院下设计划局、编译局、联络局等单位，并将原华北大学研究部、水生物调查所、前北平研究院各研究所、前中央研究院等各研究所等单位调整、合并为地理学、物理学、化学、生物学、哲学、社会学等5个方面15个研究单位。随后又有数学、心理、地理等研究所成立。每个研究单位下设若干研究所、室，主要从事自然科学、哲学、社会科学的基础科学、新兴技术、国民经济和国防建设等重大的综合性课题的研究。

中国科学院是中国最高学术机构和自然科学综合研究的“国家队”，直接领导120多个科研机构。经过50多年的努力，中国科学院已发展成为全国自然科学与高新技术的综合研究与发展中心，院属机构分布在全国各地。