1953年8月，以李承烨为首的一大批南方派干部受到法庭审判，罪名是美国间谍、破坏南方革命力量和企图颠覆共和国。此案的矛头实际上是针对早在半年前就被捕的南方派首脑人物朴宪永的，两年后，最高法院以间谍罪判处朴宪永死刑。
经过一连串的内部争斗，朝鲜党内各派终于都归附金日成麾下，朝鲜停战后不久形成的新领导班子，不仅增加了游击队派的金一，还有延安派的金奉、金昌满，莫斯科派的朴昌玉、朴永彬，甚至南方派的朴正爱。然而，分歧和矛盾只是在高压下暂时消失，问题并没有得到真正解决。
苏联外交部观察到，朝鲜停战后，中朝关系有“不正常现象”。如“志愿军司令部坐落在离平壤几十公里的地方，居住条件很差，朝鲜领导同志也极少去那里”；在平壤的战争展览馆，12个战绩展厅中只留给中国志愿军战士一个，而在其余的所有展厅中，朝鲜人民军的作战行动被解释成与中国志愿军无关；“金日成打算逐步解除在中国待过的领导工作者在党和政府中的职务”等。
而中国政府在1952年召回驻朝大使后，直到1955年1月没有再派新大使。在朝鲜驻华使馆举行的招待会上，周恩来“几乎没有同朝鲜代表交谈过”。苏方据此得出的结论是，“中国同志对朝鲜人的行为很不满(尽管没有公开表达过)，但他们对朝鲜人表现得很克制。”
这一切，显然都与金日成开展党内斗争，清除朝鲜劳动党内的亲中力量，有着千丝万缕的微妙关系。
“莫斯科派”首先遭排挤
1956年苏共二十大以后，在赫鲁晓夫批判斯大林“个人崇拜”风潮的影响下，金日成清除党内反对力量，首先指向莫斯科派。
1956年4月23-28日，朝鲜劳动党召开了第三次代表大会，主要目的是进行人事调整，进一步消除反对派的势力和影响。会议既没有消除前一段广大干部对人事处理的不满情绪，也没有研究人民普遍关心的经济困难和生活问题，对朝鲜劳动党内严重存在的对金日成的个人崇拜现象，如全国各地都建立了他的纪念碑，到处可以看到他的肖像，电影、歌曲、著作都在歌颂他的英明等，更是只字不提。
金日成的长篇报告，除了赞扬朝鲜的政治地位和经济成就外，就是反复批判朴宪
永等南方派领导人以及其他“分裂党的宗派主义活动”。大会对中央委员会进行了大规模调整，以保证对金日成的忠诚和支持。在71名中央委员中，新选43人，上届保留下来的只有28人，在45名候补中央委员中，新选43人，保留的只有2人。
这次会议的人事调整主要是针对莫斯科派的，在代表大会之前一次审议候选人的中央会议上，金日成提出，有一些从苏联回来的干部已经接受了朝鲜国籍，又不愿放弃苏联国籍，为什么还要选他们当中央委员？对此，崔庸健愤怒地说道，既然他们脚踏两只船，就应该把他们踢出去。结果，这些人全部被排除在候选人之外。
在代表大会后召开的中央常务委员会会议上，金日成又针对莫斯科派干部经常光顾苏联使馆的情况，特别强调了保守机密和加强纪律的问题，并规定从即刻开始，与外国人的一切联系必须通过外交部和外贸部进行。
这一时期，金日成党内斗争的矛头主要指向莫斯科派，因此对延安派显得十分宽容。
也是在这次常委会议上，金日成突然主动提出了朴一禹的问题，表示：朴一禹理应予以释放，但目前暂不执行。
对于延安派干部李相朝的问题，金日成也没有追究。李在战争初期曾作为金日成的代表住在北京，这次是从驻苏大使任上特意回国参加第三次代表大会的。会议期间，他曾两次给主席团写便条，建议讨论劳动党内部存在的个人崇拜问题。李提的建议非但没人理睬，还被金昌满叫去责骂了一顿。崔庸健、朴金等人甚至主张撤销其大使的职务。后来金奉出面找金日成，表明自己的不同意见，李相朝才算躲过这一关。
李相朝回到莫斯科，立即于5月30日约见了苏联副外长费德林，详细报告了朝鲜党内的不正常状况，强调对金日成的个人崇拜实际上笼罩着整个朝鲜，劳动党中央委员会缺乏集体领导，所有事情都由金日成个人决定。
李相朝说，对金日成的吹捧已经到了无以复加的地步：“朝鲜人民革命博物馆变成了金日成个人事业的历史博物馆”，甚至传说“金日成在儿童时代就已经开始领导朝鲜人民进行反抗日本的解放斗争了”。李相朝还指出了金日成在经济工作和使用干部方面及战争期间的种种错误，并多次强调，苏共中央必须尽快在思想和政策方面帮助朝鲜劳动党，特别是帮助金日成克服他那些危险的错误。
