毛人凤暗中收集了蒋经国的亲信毛邦初在美国受贿贪污的消息，报到蒋介石的案头上。蒋介石虽然没有如毛人凤所期待的那样真的查办，但还是把蒋经国给结结实实地教训了一通，弄得蒋经国好长一段时间抬不起头来。
这件事激起了蒋经国的斗志，他决心要给毛人凤点厉害看看。这时，毛人凤的宿敌，国民党情报老手郑介民向蒋经国献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国不敢擅自拍板，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。
蒋经国还是不露声色，采取挖墙脚的办法，来了个釜底抽薪。他将保密局二处处长叶翔之拉拢过来，委以重任。这样一来，保密局内的众骨干也纷纷“跳槽”。众叛亲离后，毛人凤就只剩个光杆局长。但毛人凤也不是省油的灯。他得知蒋经国的行动后，一不做二不休，以蒋介石提倡的“整肃纪律”为由，将叶翔之收受贿赂170根金条的罪证搜齐后，准备亲自呈报给蒋介石。
叶翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蒋经国。蒋经国一惊，忙安慰道：“叶处长不用担心，总统那里我去说。这样吧，你来我这里，担任大陆工作处处长。”旋即，他亲自赶往蒋介石处，称：“保密局有个高级特工叶翔之，由于家庭生活困难，收了一点礼，毛人凤便要严办他。我觉得此人是个人才，过去在大陆完成了许多重要任务，又是初犯，且已经退了贿礼，能不能网开一面，让他戴罪立功？”
蒋介石本来就想栽培儿子，今见蒋经国亲自说项，更认定叶翔之可以重用，当即便同意蒋经国的请求。不曾料到，蒋经国手握尚方宝剑前脚刚走，毛人凤随后便把叶翔之的材料送来了。
不料蒋介石看完材料后却大为生气：“你们到底怎么搞的？叶翔之明明是一个好官员，为什么非要整他？”
毛人凤哪敢置辩，灰溜溜地走了。他再一次领教了蒋经国的厉害，终于明白他自己是斗不过蒋经国的。他有点绝望了。
心灰意冷的毛人凤突然想到了宋美龄。自从“打虎”事件后，宋美龄和蒋经国因为权力之争，已渐生龃龉。她知道蒋经国上台，对宋家人十分不利。而毛人凤的特务系统好歹是一个独立存在的势力，有他存在，多少可以牵制蒋经国的行动。所以宋美龄答应了毛人凤的请求，替他在蒋介石面前说了好话。经过宋美龄的调解，蒋经国总算收回了要搞垮保密局的打算。然而，他和毛人凤之间的关系却一直十分紧张。
1954年，蒋介石再次改革情报系统，一方面设立以郑介民为局长的“国家安全局”，撤掉“总统府机要室资料组”，该局直属于蒋经国任副秘书长的“国防安全会议”，由于主席和秘书长都是兼职，蒋经国成为“国家安全局”的实际领导者；另一方面以原保密局为班底分别设立仿照美国“中央情报局”(CIA)模式的“国防部情报局”和仿照美国“联邦调查局”(FBI)模式的“司法行政部调查局”。
此外，像宪兵部队、大陆工作会、海外工作会、驻外武官处等情报机构均定期向“总政治部”及“国家安全会议”报告，接受督导。至此，蒋经国成为全岛超过5万特工人员的“共主”。蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石“保密防谍”的旨意，延续了1949年5月以来的“非常戒严”气氛，甚至有过之而无不及。
毛人凤侥幸逃过了被清洗的劫难，却再也无力挽救军统的衰败之势了。蒋经国取代了他成为了台湾的“特工王”。
毛人凤哪里是个轻易被放平的人，眼看自己几十年苦心孤诣营造的特工系统日益消散，不禁毒气攻心患上肝癌，到医院检察已成晚期，无药可治了。老蒋念及他毕竟为他的“党国”效过力，就送他到美国治疗，无奈癌症已到晚期，不久病情恶化。1957年毛人风在台湾满怀着对人民对共产党的憎恨之情，也怀着对自己权力丧失的遗憾，走到他罪恶一生的终点。
