罗瑞卿和叶剑英的接触来自大比武和郭兴福教学法之后，罗瑞卿多次在汇报工作的会议上公开称赞叶帅是“我军难得的帅才，是毛主席的参谋长，我是挂名的总长，比不了叶帅。”根据当时的总参考察组给中央军委的报告称：“围绕着要不要搞群众性练兵运动，罗瑞卿同志协助叶剑英副主席倡导和组织全军开展群众性练兵运动。他多次深入部队，调查研究，召开现场会，组织汇报表演，推广先进的教学方法。他按照毛主席关于从难从严从实战需要出发训练部队的指示，强调政治统帅军事，把思想政治工作做到训练现场；强调指挥员要做到“四会”（会讲、会做、会教、会作思想工作）；战士要苦练、巧练，练成“小老虎”。他还及时提醒部队，要注意防止和克服某些形式主义、锦标主义的偏向，要注意劳逸结合。通过这次群众性练兵运动，明显地提高了部队的军政素质，使我军取得了建国以来最好的训练成绩，受到了毛主席、周总理、朱委员长等党和国家领导人的称赞。毛主席看了北京、济南部队的军事表演后说：很好，要在全军普及，要很快布置，抓紧这项工作。”这是叶剑英和罗瑞卿配合的非常好的一次大行动，而此前罗只向林彪汇报了大概，林彪事后说罗不通气。
在林彪的得意之作”活学活用毛泽东思想“问世后，罗瑞卿居然表示出少见的冷淡和反对，罗瑞卿针对林彪的顶峰论、带着问题学，立杆见影等问题指出：“难道马列主义、毛泽东思想就不再发展了？”罗瑞卿在审查解放军报社的稿子时，看到稿子中写了“顶峰”和“最高最活”的话，就把它删除了，还亲笔在旁边批示：这样的提法，毛主席知道也不会同意的。六五年六月二十九日，罗瑞卿给田家英打电话请教林彪提出的最高最活的意见后明确对解放军报社指示：“我问过家英同志了，理论家也说最高最活最好不用，最高难道还有次高？最活难道还有次活？马列著作都是死的吗？也不是裹足不前的。”当有人提醒这是林彪讲过的话时，罗瑞卿说：“林总说的也不一定对，谁有真理听谁的。而不是谁官大听谁的。”
林彪在一九六五年九月时对吴法宪、李作鹏、叶群点名批评罗瑞卿说：“罗瑞卿和我合作是一九六零年最好，六一年开始顶牛，今年开始正式反对我了。”而此时刘亚楼的介入让问题更加发展的曲折了。
刘亚楼是为数不多的林彪可以说点心里话的人，也是破例可以过问一下林彪家事的领导人之一，建国之后，刘亚楼担任空军司令员，林彪说过这样几句话：“空军了不得，是天之骄子，蒋介石什么都是错的，只有一点，抓空军是对的，他老婆当航空委员会的主任，以后战争离开空军不行，空军要当部队一半的家。”刘亚楼作为空军负责人和林彪的关系仍旧保持着很好的关系，文革中周恩来养女孙维世被迫害致死的由来就是因为林彪曾经和刘亚楼感叹过叶群的不好谈及在东北时喜欢孙维世的往事，结果被刘的家人说给了叶群，以致于叶群大闹毛家湾。而事后奇怪的是刘亚楼并没有因此受到任何的指责，反而得到叶群的信任，两家的关系比之以前更进一步。刘亚楼在南京时，南京军区的江腾蛟知道刘亚楼有些寡人之疾，就特地给刘亚楼安排了这方面的需求，而江是一直紧紧的追随林彪和叶群的铁杆分子，他对刘亚楼的孝心显然也不是泛泛的应酬。
刘亚楼和罗瑞卿的关系也是非常的好，一九六一年还曾经为罗瑞卿给林彪解释过他们之间的误会，刘亚楼在调和林罗的误解和分歧做了很多一般人做不到的工作，这里面萧华也做了很多，不过萧华没有刘亚楼那样的力度。所以，后来叶群在上海会议上把刘亚楼的话端出来以作为征信也是基于这个历史的来源的。
一九六五年二月，林彪再一次找罗瑞卿正式就紧跟的问题说了几点，林彪说：“你这个人优点突出，缺点也突出，以后你要做好两点，一个是心胸要开阔，容忍不同的意见，吴法宪说你独裁，不见得对，可是也有一点。第二，要养好病，身体保养好，继续跟着主席革命。论能力，你在大将中第一。”叶群也对罗说：“林总最看重你，你不要辜负了林总的期望。”罗对叶群的话很反感，他和刘亚楼等人说：“都是为党工作，一个女人家这么说，从何说起？”林彪同时还指责罗瑞卿在去年（1964年）大比武中的问题：“军训四点好，用心好，内容好，方法好，效果好，都是好，也有不好，不突出政治就不好。去年比武可以，今年就要突出政治。”临走前，林彪突然对罗瑞卿说了这样一句话：“我林彪犯了错误，也不会连累你们的。”罗瑞卿把话说给刘亚楼和萧华，他们都说不明白林总的意思。
其实，早在一九六六四年武昌汇报问题上，林彪就对罗瑞卿不满了，一九六六四年四月二十八日，贺龙带着罗瑞卿直接飞到武昌去见毛泽东，汇报作战会议的经过，林彪事前根本不知道，事后林彪很不高兴，就地给罗瑞卿指示说：“加强通气，以前不够，以后多多通气，我在家（北京）每五天一次，不在家，一个月一次。”还就此念了党章和毛主席语录。罗瑞卿表示无条件同意，还说主席和林总都是最恨不通气的。其后成为习惯。一九六五年建军节之后，林彪在大连养病，罗瑞卿从北戴河冒雨起飞去大连给林彪通气，然而在十二月批判罗瑞卿的会上林彪对此矢口否认说罗根本不想来。
在林彪的问题上，叶群确实起了不少的很坏的作用，有的也是背着林彪干的，然而在重大问题上特别是像打倒罗瑞卿这种事情叶群最多不过是个跑腿学舌的伙计罢了。然而此时此刻，罗瑞卿也没有意识到问题的严重性，包括重病的刘亚楼都已经看出来了，他在一九六五年五月三日最后一次于上海华东医院和罗瑞卿谈话时最后使用了这句话作为结尾，刘亚楼对罗瑞卿说：“主席健康最重要，只有主席健康，你才健康，只要主席活着，健康，你就健康，”反复说了两遍，这在一向干净利落的刘亚楼并不多见。五月七日，刘亚楼就病故了。时隔多年后罗瑞卿回忆起刘亚楼的这番话时说：“他看出来林彪的用心了。”
林彪用人是喜欢以人划线的，他多次的旁敲侧击的给罗瑞卿上课，然而罗瑞卿仍旧没有十分情愿的转向，于是，林彪就布置吴法宪、李作鹏、叶群开始整理罗瑞卿的“黑材料”了，林彪在日记中这样提到一九六五年五月二十七日谈话后的罗瑞卿：“封锁我，紧跟别人，大捧别人，让他做绝。”（《林彪日记》213页）
罗瑞卿在晚年回答别人问起林彪打倒自己的原因时曾经这样总结过：“有两条：一条是林彪要我入伙，我不入；第二条是要我相信林彪，超过相信毛主席，我不干。”罗说的第二条目前还要继续论证，然而第一条毫无疑问是对的。
