早在复出前两个月，邓就已经明确表态：“两个凡是”不符合马克思主义，矛头直指该年2月中央“两报一刊”发表的社论：“凡是毛主席作出的决策，我们都坚决维护，凡是毛主席的指示，我们都始终不渝地遵循。”
1979年10月底，决议的起草工作正式启动。之前有三件事为决议铺路。年初，理论工作务虚会，延续了胡耀邦于1978年发起的真理标准大讨论；3月，务虚会临结束时，邓小平提出四项基本原则；9月底，时任全国人大常委会委员长的老帅叶剑英发表国庆三十周年讲话。
“我们起草的决议，对毛泽东的批评，其实很多是吸取了‘理论务虚会’的讨论成果，”曾参与决议起草的郑惠生前回忆说。
先后在国务院政治研究室、中共中央政策研究室等地任职的郑惠也参与了叶剑英国庆讲话稿的起草。根据他的回忆，这篇讲话既要为决议做准备，又无法迈开太大步伐，起草者们为此倾注了很多心血。
讲话中有一些有意思的细节：由于刘少奇当时尚未平反，所以只提了毛、周、朱；而所有涉及到毛泽东的问题，都没有主语。
10月30日，决议起草小组开会部署工作。邓小平反驳了那些“把问题留待十二大甚至更后去解决”的主张：“从国内来说，党内党外都在等，你不拿出一个东西来，重大的问题就没有一个统一的看法。国际上也在等，人们看中国，怀疑我们安定团结的局面，其中也包括这个文件拿得出来拿不出来，早拿出来晚拿出来。所以，不能再晚了，晚了不利。”
南方周末记者采访整理出一份起草小组的不完全名单：主持者邓小平、胡耀邦，起草小组负责人胡乔木，分管部分工作的邓力群、吴冷西，从事具体起草工作的廖盖隆、袁木、滕文生、郑惠、邵华泽、卢之超、龚育之、李洪林、石仲泉、席宣、杨增和、郑必坚。
其中，胡乔木是唯一参加过中共党史上两次决议起草的人——他曾担任毛泽东秘书，在1945年通过的《关于若干历史问题的决议》起草中扮演辅助角色，那一份决议树立起了毛泽东的绝对权威。
“反周民必反，反毛国必乱”
“对西方人来说，我们有很多问题不理解。中国人民在讲起‘四人帮’时，把很多错误都归咎于‘四人帮’，说的是‘四人帮’，但他们伸出的却是五个手指。”
1980年8月，决议起草期间，邓小平在人民大会堂接受了意大利记者法拉奇的采访。法拉奇提及的那根多出来的手指，显然指向毛泽东。
“毛主席的错误和林彪、‘四人帮’问题的性质是不同的。”邓小平说，“毛主席一生中大部分时间是做了非常好的事情的，他多次从危机中把党和国家挽救过来。”
实际上，给法拉奇的答案也正是邓小平希望向全世界传达的信息。时任外交部新闻司司长的钱其琛全程组织安排了法拉奇的采访，他说：“法拉奇采访申请被接受的最重要的原因是小平同志确实有话要说……这次谈话不仅对国内工作具有重大的指导意义，而且向世界发出了明确的信息。”
这些信息的核心是：中国没有走赫鲁晓夫彻底否定斯大林的苏联式道路。
在“确立毛泽东的历史地位，坚持和发展毛泽东思想”的基础上分析毛的错误，亦是邓小平为决议定下的基调。“刘少奇同志的冤案已经公开平反，林彪、江青两案审判也在准备中，文化大革命显然要被根本否定。在一些人思想上发生某些动摇的时候，特别强调这一条，是很有针对性的。”曾参与决议起草的龚育之生前回忆说，
邓小平曾在主持决议起草期间先后发表过十几次谈话，其中多半都围绕这个问题展开。决议草稿的几次大改，也是因为没有完全符合这项原则。
邓曾多次肯定民间流传的“反周民必反，反毛国必乱”。他解释：“不提毛泽东思想，对毛泽东同志的功过评价不恰当，老工人通不过，土改时候的贫下中农通不过，同他们相联系的一大批干部也通不过。毛泽东思想这个旗帜丢不得，丢掉了这个旗帜，实际上就否定了我们党的光辉历史。”
在起草过程中，陈云贡献了另一个主意：增加回顾建国以前28年历史的段落。“有了党的整个历史……毛泽东同志的功绩、贡献就会概括得更全面……说毛泽东同志功绩是第一位的，错误是第二位的，说毛泽东思想指引我们取得了胜利，就更能说服人了。”
比邓小平小一岁的陈云当时在党内的地位和影响力仅次于邓，他的建议很快就被采纳。
“这份决议虽然叫‘历史问题的决议’，但实质上是政治问题的决议。”中央党校教授沈宝祥说。
