刘顺元开始还以为，关东行政公署成立以后，苏联人在办事的方式上总该有所改变，有一点平等协商的样子。但是事情的发展完全出乎他的意料。
首先发生的问题是关东行政公署的办公地点。刘顺元和中共旅大地委的所有同志，都认为大连是旅大的政治、经济中心，关东行政公署应该设在大连。但是，苏军为便于控制，一定要关东公署设在苏军总司令部所在地的旅顺，并且让出旅顺的一家医院，限令关东公署搬到那里去办公。刘顺元因为中共旅大地委还留在大连，只好奉命在旅顺、大连之间来回奔波。
关东行政公署迁到旅顺以后，苏军司令部遇事并不是派人到关东行政公署来协商，而是采取过去的老办法，把关东行政公署的官员找到苏军司令部去训话。训话时苏联人高高地坐在台上，关东公署的官员坐在台下。苏联人要中国官员回答问题或汇报工作时，中国官员必须站立起来，恭恭敬敬地先说一声：“报告，我是关东行政公署的某某某”。刘顺元置身于这种场所，就会想到中国近百年任人宰割的历史，心中不断地说：“这不是帝国主义者对待殖民地的一套吗？”
对于这一切，刘顺元还在容忍着。因为保持与苏联的友好关系，对东北以至全国的人民解放战争还是有利的。何况，苏军的特务机关格伯乌，动不动可以用“反苏”的名义抓人。但是，紧接着发生了几起事关中国主权和尊严的大事，刘顺元就把个人的利害得失置之度外，义无反顾地站起来与苏联的霸权主义相对抗了。
忍无可忍的抗争
1947年5月17日，苏军司令部通知关东行政公署和中共旅大地委：以国民党东北行辕副参谋长董彦平中将为首的视察团，将于6月初来大连视察。除要求采取“拖延、孤立、留难、限制、监视”的办法，使国民党政府不能染指大连的事务以外，还宣布立即进行货币改革，并且限定在5月23日到27日这5天内完成。
事隔将近半个世纪之后，刘顺元说起那时的所谓货币改革，仍然非常气愤。
他说：“苏联人到东北以后，便滥发军用券。那种券纸质很差，印上1元、10元，上面用中文写着‘东北地区通用，拒用者按军法惩治’。他们靠这种军用券，把东北的许多物资弄走了。由于没有限制地滥发，这种军用券究竟发了多少，连他们自己也没有数。以后国民党派视察团来，要求接管大连，他们怕已经接管了东北许多大城市的国民党，拿这种军用券来大连抢购物资，又想出了一个对付的办法，来个货币改革。就是居民所拥有的军用券，都必须到兑换所重新加盖印记，才能继续使用。盖印前，还要在军用券上贴一张印的小纸条，把原来面值较小的货币，变成面值较大的货币。这种办法，实际就是货币贬值，农民养的一只鸡，转眼就成了一只鸡蛋了。除了货币贬值，还实行现金管理，规定凡超过多少数额以上的现金，都必须存入银行，听候处置。这就等于把群众手上多余的钱都没收了。”
在苏军司令部召开的会议上，刘顺元向主持其事的梅尼兹柯夫元帅陈述了利害：“采取这种办法，一下子就会把旅大的经济活动搞死了，工厂没有流通资金，资本家也会恐慌起来。”梅尼兹柯夫蛮横地说：“我们管不了这些。”刘顺元要求宽限几天，以便再收购一些粮食，现在仓库里存粮不多了。梅尼兹柯夫一句也听不进去，说：“必须如期完成，一天也不能拖延。”并且指示刘顺元以关东行政公署的身份，到大连电台去讲解这次货币改革的意义和办法。刘顺元心想，东北的解放战争已开始进入反攻阶段，我们中国共产党快要进入关内外的大城市了。按你们这一套广播出去，各地的资本家不都要给吓跑了吗？他坦率地告诉梅尼兹柯夫：“货币改革的任务保证按期完成，但是我不能到电台去作这样的广播。”
紧接着又发生了一件更难容忍的事：签订中苏电业合作、渔业合作、盐业合作、石油合作以及中苏合营造船公司的几个协定。签约的一方是关东行政公署，一方是苏联对外贸易部的代表萨瓦斯基。刘顺元晚年回忆起这段史实时说：苏联怕国民党政府来接管大连，便把大连的主要企业和资源，统统改为“中苏合营”，实际上我们挂个名，还是由他们控制经营。如果国民党来接管大连，什么协定都签好了，国民党只能捞个空的大连。苏联人真厉害，他们并没有出一分钱，就把理应完全归中国所有的企业，改成中苏合营企业，占有一半的股份和企业的实际控制权。
一天早晨，刘顺元突然接到准备签约的通知。
他心里一怔：怎么还没有进行任何商量就要去签协定呢？他耐着性子问：“还要哪些人去？”“其余的人由我们通知，不需要你们管了！”
苏军司令部跳过中国的行政机构，直接通知中国官员去开会或办事，已经习以为常。这次由平等的双方签署合作协定，依然是这样的目中无人。
