新的营业税条例和细则颁布后，建筑工程再分包能否实行差额征税，网上有众多的文章阐述了许多观点。较多的观点认为不可以，其主要依据是《中华人民共和国建筑法》第二十九条规定：禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位。
　　建筑工程再分包或再再分包，凡符合分包条件的，仍可实行差额征税，主要依据是《中华人民共和国营业税暂行条例（新）》第五条第三款：纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。

违法行为判断的主体问题

　　行为是否违法，应由该法实施的主管部门来判断，其他部门都没有判断的权力，否则就是越权。建筑工程是否按规定进行了分包，应由建设主管部门进行管理；建筑工程是否偷税，应由主管的税务部门进行判断，而不由其建设主管部门判断。反之，建筑工程的分包或转包是否合法，税务部门无权加以判断，只要行为符合税收法律法规的，我们就不应认为是违反税法的行为。这类事情在日常的税收征管中比比皆是。如商品销售企业销售商品，是否销售的是走私商品，我们无法判断，但只要销售，就应按税法规定缴纳增值税；个人申报的个人所得税，是合法收入吗？我们不知道，但只要属于工资薪金的，我们就按工资薪金项征收个人所得税；如属于股息红利项的，我们就按20%的税率征收个人所得税。

建筑工程转包和分包问题

　　《中华人民共和国建筑法》第二十八条规定：禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。可见，建筑工程转包是禁止的，但《中华人民共和国营业税暂行条例（旧）》第五条第三款：建筑业的总承包人将工程分包或者转包给他人的，以工程的全部承包额减去付给分包人或者转包人的价款后的余额为营业额。我们以前对建筑工程转包仍予以差额征税，并执行了多年，难道我们税务机关执行错了吗？肯定没有错，因为税务机关执行的是税收法律法规，纳税人也是按税法规定履行了纳税义务。

执法部门执法的依据问题

　　每一个执法部门都有自己的执法依据，税务部门的执法依据就是税法、税收条例和规章。新营业税条例规定对所有纳税人都可以实行建筑工程分包的差额征税，包括总承包人、分包人和再分包人，因为他们都是纳税人，而不像旧条例，只局限于对工程总承包人实行差额征税。这是新营业税条例所规定的，是税务机关和纳税人都要遵从的。
　　假设某分包人对其再分包出去的工程款进行差额纳税，税务机关却以分包违法不准其差额纳税，我们税务机关的依据何在？税法明确规定，纳税人只要有符合规定的分包，就可以进行差额纳税，不论是总包人、分包人还是再分包人，也不论是分包还是再分包。正确按规定履行纳税义务，享受税收优惠，是纳税人权利，税务机关不得以其他法规为依据，剥夺纳税人的权利。违反税收规定的执法，应是一种渎职；依据其他法律执法，又是一种越权行为。反之，即使再分包违法，也应由建设管理部门作出决定，税务机关不应以此为由，不遵从税法的规定，侵犯纳税人的权利。

纳税人将工程分包给他人的理解问题

　　综上所述，建筑工程再分包是可以实行差额征税的。新营业税条例第五条第三款的核心内容是：纳税人将建筑工程分包给其他单位的，应该这样理解：
　　1、纳税人，应是所有符合营业税条例规定的纳税人，包括总承包人、分包人、再分包人、再再分包人，这是广义的。
　　2、建筑工程，不是建筑业工程，只局限于建筑施工工程，不包括安装工程、装饰工程、绿化工程，这是狭义的。
　　3、分包，指具有类似分包的行为，包括再分包、再再分包。
　　4、其他单位，仅限于单位，不包括个人或自然人。
　　国家税务总局编写的新营业税条例的讲座《新营业税条例细则修订的背景及总体原则》，关于该条款释义的表述为：“适用主体由‘建筑业的总承包人’调整为‘纳税人’。”旧营业税条例对建筑业总承包人可以扣除分包或者转包的价款，没有明确再分包或者再转包是否可以扣除的问题，因此各地在执行上不统一，造成一个项目因为多层分包或者转包最后征收营业额远远超过项目金额，重复征税情况比较普遍。所以，这次修订主要考虑解决建筑业重复征税的问题，明确差额征税的合理性。