王沅德上书湘督，提出不能勉从浙论的4条理由，认为“若骨尚留浙，则迁葬西湖，湘不得议。骨既归湘，则迁葬岳麓，浙不得争。”湖南长沙人郑泽更是迫不及待在报上发表《为秋瑾女士改葬麓山公启》，宜布“爱拟令辰，迁之岳麓”。
在湘、浙两省的激烈争论中，秋瑾灵柩开始了第六迁，从湘潭昭山迁移到了湖南长沙岳麓山。
徐自华闻讯忙召秋社社员吴江的陈去病商议，，陈去病是南社发起人之一，与湖南方面文化界人士比较熟悉，徐自华请他速去湖南，会同秋理再行交涉。
陈去病到湘后，和秋理一起多方游说，湖南与秋瑾熟悉的一些同盟会员王时泽等人也帮助劝说，王沅德终于同意将其母遗骸归葬西湖。
湖南都督谭延闿为此专门下了批文：“秋女烈士为国致命，薄海同钦，安葬西湖，极为允当。该氏因骨肉至亲，移葬家山，于情理亦属相合；今以秋侠为革命巨子、世界公人，不敢一家私有，已许秋社同人迁葬，深明公理，良堪嘉尚。仰即将秋烈土遗榇交出，以便护送到浙。”
9月29日，陈去病、秋理和湖南特派的专员李经舆一起从湖南启程，护送秋瑾灵柩过洞庭，经汉，口，搭招商局轮船沿江而下。陈去病站立船头，面对滚滚东逝的万里长江，感慨万千赋诗寄意：“湘江水碧楚山青，一棹冲风下洞庭。最是别情无限好，满携缣素返西泠。”
10月24日，秋瑾灵柩运抵上海港。驻沪福字营官兵及学界排队到码头迎灵，先由官兵鸣枪致敬，接着徐小淑领着36名女学生扶棺登岸，军队前导，中间有“鉴湖女侠之灵榇”七字大旗一面，又有秋瑾遗像彩亭一座，后面紧跟着数百名身穿白衣的男女学生随柩，沿途人山人海万人瞻仰，恭送灵柩至绍兴会馆暂厝。
隔了一天后，上海各界人士召开隆重追悼大会。下午1时，恭送秋瑾灵柩至沪杭车站，特开专车运杭。灵车途经枫泾、嘉善、嘉兴，各界人士纷纷到车站迎灵致祭。
10月27日中午，灵车从嘉兴启程，到杭州城站时，军乐齐鸣，杭州各界人士代表列队恭迎致敬。灵柩迎出牢站至城站广场，团体联合会、国民党、民政司、财政司、教育司、提法司分别设祭。国民党由褚辅成主祭，团体联合会由杭辛斋主祭，祭毕，摄影，各执事依次赴程。浙江都督朱瑞也在五军司令部门前设祭。沿途报馆、万国改良会、商会等均设茶座。迎灵队伍浩浩荡荡出钱塘门，抵达秋社已是下午3点多。
西湖秋社内高悬秋瑾大幅遗像，冥幡招展，挽轴高挂。显要位置有吴芝瑛撰写的挽联：“今夕何夕？共诸君几许头颅，来此一堂痛饮；万方多难，与四海同胞手足，竞雄廿纪新元。”下署“追挽革命流血烈士之灵，并告慰璿卿吾妹凌云一笑”。桐乡人张长的挽联也颇引人注目，挽联只有八个字：“六月六日，秋雨秋风。”著字不多，包罗无限。
秋瑾灵柩暂时存放在西湖秋社，等待择日安葬。
不久，黄兴、陈英士、孙中山和各界知名人士相继前来西湖秋社，祭奠女侠英灵。孙中山先生亲笔题写了“巾帼英雄”匾额，还亲拟一副挽联：“江户矢丹忱，感君首赞同盟会；轩亭洒碧血，愧我今招侠女魂。”后来由胡汉民书写后，一并挂在秋社内。
这时，中国的政治形势正在发生急剧的变化。宋教仁在上海被暗杀，孙中山看清了袁世凯的野心，“二次革命”即将爆发。原是革命党人的浙江都督朱瑞投靠袁世凯，受封为兴武将军。他屈从北洋政府的旨意，擅自改变秋墓营造方案，使新建秋墓比原方案压低5尺，取消其中的秋瑾石像，原拟用柳亚子书写的碑文和墓志铭，弃而不用，改用朱瑞自己撰写的碑文。
又一个农历六月初六，秋瑾牺牲6周年纪念日。秋瑾、灵柩登穴人土，第二次安葬在西湖西泠桥畔。墓式为六角方塔，工制精绝，柱础均镌联对，四面皆通，中为墓穴。
徐自华祭拜秋瑾新墓后，长长地舒了一口气。她想总算不负夙约，女侠从此可以永远在这里安息了。谁知历史玄机重重，她怎么会知道秋墓在50多年后还有一劫。
千古不朽魂归西湖照汗青
风雨年年秋侠墓，后人和泪读遗碑。第二次营造的秋瑾之墓在西湖边存在了50年。
这50年来，不知有多少知名人士前来设奠致祭，不知有多少文人墨客勾起万千诗绪，也不知有多少游客行人瞻仰凭吊，更不知教育激励了多少青年后生。
1916年8月，孙中山再次凭吊秋墓，他感于时事动情地说：“今秋女士不再生，而‘秋雨秋风愁煞人’之句则传诵不忘。今日又风雨凄其，得勿犹有令人愁煞者。”
1939年3月，周恩来回绍兴扫墓，曾为表妹题词：“勿忘鉴湖女侠之遗风，望为我越东女儿争光。”周恩来评价秋瑾：“在反帝反封建的口号还没有喊出来之前，她敢于仗剑而起和黑暗势力战斗，真不愧为一个先驱者。”
1958年9月，郭沫若写道：“秋瑾烈士是中华民族觉醒初期的一位前驱人物，她是一位先觉者，并把自己的生命奉献了反封建主义和争取民族解放的崇高事业，她在生前和死后都起了很大的推动作用。”
历史恍如烟云，转眼已是“文革”前夕的1965年，中国政坛“山雨欲来风满楼”，意识形态领域波诡云谲，资产阶级民主革命派的历史功绩得不到应有的尊重，已于1956年11月明文公布列为一级文物保护单位的秋瑾墓难逃劫运，又一次被毁了。
秋瑾的遗骨被装入一个坛内，也未标明姓名，迁葬到杭州鸡笼山麓，单独埋在徐锡麟等烈士的骨坛附近。幸亏有心人在墓地植了一棵树，作为记认。
后来，周恩来总理过问了这件事，指示要恢复墓地以教育后人。于是有关方面决定把秋瑾和徐锡麟等6位烈士一起葬于南天竺。6位烈士的骨坛上各有姓名容易归位，而秋瑾的骨坛虽根据植树标记知道埋葬的大致位置，但如何确认呢？幸亏原先平墓的杭州市园林工人是有心人，迁葬时特为在秋瑾的骨坛内放入女高跟鞋一只作为标记，就凭这个标记秋瑾的遗骨才得以确认。
中共十一届三中全会以后，拨乱反正，极左思潮开始得到应有的清算。辛亥革命70年前夕，浙江省人民政府决定重建秋墓。经办人员立即去挖掘秋瑾烈士的遗骨，可是碰到了难题，原来，南天竺秋瑾埋骨处已被圈入一个备战的仓库基地内，原墓地上的树木早被砍光，地面浇成了一片水泥地。经办人员找到了原来的仓库管理员询问，幸亏这位仓库管理员也是个有心人，当初浇混凝土地面时他曾作过一个标记。根据管理员提供的位置，总算准确无误地发掘到秋瑾的骨坛。为了慎重起见，除高跟鞋这个标记外，又将坛内骸骨作了一番排列，经鉴定确是一副30岁的女性骸骨。这副完整的秋侠遗骨重新葬到西湖边新建的秋墓中。
新建的秋墓外貌、规模都远胜旧墓，只是前两次旧墓在西泠桥西侧，现在新墓建造到了西泠桥东边。新墓墓基高2米，上端汉白玉石雕秋瑾烈士像高2．7米。墓座正面嵌有孙中山先生当年挽烈士题字“巾帼英雄”的手迹，墓座背面嵌有初葬秋瑾时徐自华撰文吴芝瑛书丹胡掬邻刻石的“西泠十字碑”。1981年9月，浙江省人民政府把秋瑾墓列为浙江省级重点文物保护单位。
遗骸九迁，至此始安，为中华民族壮烈牺牲的女革命家和女英雄秋瑾终与岳武穆、于忠肃、张煌言并峙湖山，名垂青史，供后人凭吊。
