盛世骐去世后第二天，《新疆日报》即用“国际大阴谋”大标题报道了这一消息。蒋介石便立即作出反应，他三次召见新疆驻重庆代表张元夫，4月中旬派张元夫去迪化，向盛世才提出谈判条件，中央政府准备派三个师进驻新疆，并提出派专机接盛世才去重庆面晤。长期违抗中央的盛世才自然不敢贸然赴渝。
5月7日盛世才派其五弟盛世骥为代表去重庆晋见蒋介石，商讨西北交通运输问题，并在中央训练团受训。蒋介石对盛世骥来渝极为重视。5月10日盛世才即给斯大林、莫洛托夫等写信，指控巴库林、拉托夫等苏联在新工作人员为刺杀盛世骐的阴谋暴动案的参与者，并要求苏联派员参加侦讯。在没有把握之前，盛世才还不敢立即与苏联破裂。
6月27日莫洛托夫致电盛世才，决定日内派外交部副部长В·П·杰卡诺佐夫来新，“专为办理解决独山子油矿及其他各重要问题”。盛接电后，翌日以特急电致蒋介石，称：“迭副部长（苏联外交部副部长杰卡诺佐夫）在苏联政府占重要地位”，请蒋速派经济部长翁文灏来新谈判，并请派在兰州的第八战区司令长官朱绍良与翁同机来新，因为“朱系职旧日长官，又系职之旧友”，有许多重要问题须与之面商，并请朱回兰后赴渝报告。7月2日蒋介石写了一封给盛世才的亲笔信，由朱绍良亲手交盛世才。由于朱与盛有旧谊，朱任国民革命军总司令部参谋长时，盛在其部下任上校参谋，并任朱女公子的家庭教师。朱曾荐盛晋升少将未成，又对盛馈赠赴新旅费。而蒋对朱一向看重，令其任第八战区司令长官，委以解决西北问题的重任，并对他说：你放走了盛世才，有责任收服盛世才，新疆问题一日不解决，你就一日不能离开西北。蒋介石在这封给盛世才的亲笔信中说：“凡公私诸语，请与逸民（朱绍良）长官开诚详谈。当此国家存亡绝续之交，更为吾人安危成败相共之时，吾弟之事业即为中正之事业，故中正必为吾弟负责，以解除一切之困难也。”
7月3日朱绍良、翁文灏等由兰飞迪。当晚盛世才举行盛大宴会欢迎。
7月10日朱绍良飞渝向蒋介石报告新疆详情。7月16日蒋介石接见苏联驻华大使潘友新，重申今后有关新疆事务，苏联政府应与中央政府直接洽商，以免发生误会，并告以对新省政治调查与督察事项，已派朱绍良赴新负责主持，希一并转达苏联政府。7月20日朱绍良由重庆飞返迪化，传达中央对新意旨。当时蒋介石曾有手谕致盛，朱绍良告盛，于其既往一切，委员长不但原宥，且均为之负责。这样，盛世才便放心地转向了。
蒋介石对新疆还政于中央一事十分重视，8月15日他亲自飞抵兰州，朱绍良于19日携盛信函返兰向蒋报告。27日朱绍良飞嘉峪关，28日蒋介石偕夫人宋美龄莅嘉峪关视察。29日朱绍良随宋美龄飞迪化，并告盛世才：（一）调派甘肃境内政府军由兰州进驻安西、玉门，牵制在哈密俄军；（二）委派新疆外交特派员，将外交权归中央；（三）肃清新疆共产党；（四）着俄军退出新疆等项。宋美龄此行是盛世才与苏联最终破裂的标志。
收复新疆主权方略》主要针对苏联
收复新疆主权的主要障碍在苏联。因此，1942年7月13日军事委员会参谋总长何应钦报告蒋介石说：“关于苏联与新省问题，职于昨（十二）日约集程副总长、徐部长、张部长、程主任及周主任至柔等详细研究，结论如附件。至盛世骐被暗杀一案，现对苏方似以不必提及为宜，当否？”这个附件，即《收复新疆主权方略》。“方略”分三部分：（一）新疆现势之判断；（二）方针；（三）实施要领。关于“新疆现势之判断”，认为“苏联有吞并之阴谋，及足够之武力，但在国际现势上，如公然以武力占领新疆，暴露侵华态度，在政略及战略上均属不利。”而盛世才对苏关系破裂后，惧怕苏联威胁，“势必依附中央，并望予以所要之支援使苏联有所顾忌，不致公然发动暴力行为。”关于“方针”，“方略”认为，“为巩固西北边防之目的，应乘此中苏同盟之时机，收复新疆主权。惟中央对新，过去既鲜充分准备，现又尚无确实控制之余力，故目前依政略之运用，一面利用盛之地位及力量并扶之，使其逐渐中央化；一面敷衍苏联，迟缓其对新之策动并尽速加强我甘、青、藏边军备，及一切必要之准备，候机再确实控制之”。关于“实施要领”，提出分两个时期，即“现在过渡时期”与“收复主权时期”。“现在过渡时期”，规定：一、对苏仍本睦邻政策，并运用政略，遏止其对新疆采取断然行动，“说明苏联与我省间演成复杂不快之现状，系由于以往苏联与我新省间直接交涉所惹起。今后关于我新省与苏联间之问题，我中央政府当随时予新省以指示及监督，并说明现中苏系同盟国家，一切外交，均应循正轨”。“若苏方询及我中央今后对盛督办态度如何，最好避免答复，或答以正在研究中，若苏方不问此点，即不必提及”。二、维持并利用盛世才的地位，“在政治、经济、外交上，多方面以善意之扶助，俾增进其对中央之信赖，使逐渐中央化”。目前实施要端为：甲、随时派遣军政大员前往新疆，使苏联有所顾忌，巩固盛世才内向之信心；乙、于征得盛世才同意后，逐渐改组新疆省政府，并派遣军政干部及特务人员，秘密进入新疆工作；丙、经济上予以所要之援助；丁、派遣外交特派员驻迪化，以减轻苏联对盛直接之压力；戊、给予其他盛所希望之扶助。三、军事上之准备：甲、以保护油矿区名义，加强河西尤其玉门附近之兵力（约精练之一师）。乙、增辟南疆机场，以保护机场之名义，适时派遣中央军一部（一师以下）于该地。丙、以柴达木屯垦名义，催促骑五师尽速进驻该地，并在经费上予以所要之协助。丁、迅速进行控制西藏方案，奠定西南边防，以策应新疆。戊、适时划南疆为一师管区，从事军备之建设。“方略”重点显然在军事之准备。关于“收复主权时期”，“方略”认为应“乘日寇北进攻苏，或苏对德军事惨败，或其他我之国际地位更有利时机，向苏联提出解决两国外交悬案”，包括撤退驻新之红军第八团及空军、战车等部队。“中央军有力部队开入新疆各要点，以武力确实控制之”。显然，国民党政府认为收回新疆主权的主要障碍是苏联，因此必须谨慎、有步骤地进行。
