余回署后，一民为考虑翌日应付之方式，不能遽成寐，乃取出行箧中之庄子南华经以消永夜。不意深夜二时许盛氏忽来，神色益觉仓皇，问一民所看何书，一民告以庄子。彼曰，“为何看这腐败的古书？”一民答以“内容很有趣”。彼忽又离去，有失常态，颇有彷徨不可终夜之势。一民将就寝，颇恶玻璃窗外之哨兵，时时对此靠窗之卧榻俯窥。此种狰狞姿态，日间犹令人难堪，况深夜乎？一民乃起而将床上设备移置他处，方得安枕。翌日以此告我，二人相顾大笑。彼坦然语我曰：“如彼派人来解决我，自不能免，此不过要他多消耗几粒子弹而已”。16日一民告盛以中央拟将其调任意旨，措词委婉而词意坚决，是日情况之紧张可知矣。最初彼作以退为进之口头语，继则以新局严重不能遽离为理由，借延宕以固位。幸此时已有若干中央部队入新，如驻防迪化附近老满城之预备第七师一部分，及驻哈密之徐汝诚旅，闻变已作战备，中央空军复集中若干架飞机于酒泉，在西北负责指挥之罗机司令奉令偕一民同机飞抵哈密，准备前进基地；凡此军事情报，盛氏必能取得，自不能不转生戒慎恐惧之心。
此时盛世才感觉大势已去，遂愿先让省主席之位置，而仍拥边防督办之兵权。但蒋介石态度坚决，令盛离新。盛进退失据，只得听命中央，同意离新赴渝。
8月21日朱绍良偕盛世骥回到重庆，向蒋介石报告与盛世才谈判经过。8月29日国民政府即下令：
（一）新疆省府委员兼主席兼新疆边防督办盛世才呈请辞职，情词恳切，盛世才准免本兼各职。此令。
（二）新疆省边防督办公署裁撤。此令。
（三）农林部长沈鸿烈另有作用，沈鸿烈应免本职。此令。
（四）特任盛世才为农林部部长。此令。
（五）任命吴忠信为新疆省政府委员。此令。
（六）任命吴忠信兼新疆省政府主席。此令。
（七）新疆省府主席吴忠信未到任以前，所有主席职务派朱绍良暂行兼代。此令。
新疆边防督办公署裁撤后，所有驻新各部队归中央军事委员会直辖，该署应办事宜，改归新疆省保安司令部接办。9月11日盛世才与交通部次长徐恩曾乘大型飞机离新，下午抵兰州。9月18日在国民政府举行盛世才任农林部长职宣誓典礼，19日到农林部视事。9月23日盛世才在《新疆日报》发表告全省军民同胞书称：“在十年建设过程中，渐觉六大政策尚欠完善，并谋求达到国家民族彻底解放，实现大同世界，必须实行国父所创造最优最精之三民主义。于是乃决心以六大政策汇入三民主义洪流，与我全疆各族各界同胞，共同坚信并奉行三民主义，更加致力于建设国防后方工作，以期早日完成抗建大业”。
蒋介石对盛世才并未食言
盛世才离新后，由中央“特派新疆清理特种刑事积案审判团”入新审讯这次“阴谋暴动案”入狱者，证实其所受之冤抑，最后该团以“法新审字第五二二号判决书”平反此狱，宣告无罪。抗战胜利前夕，在新疆受过盛世才迫害的一些人发布“新疆省全体民众讨盛檄文”，编写出版《盛世才祸新纪略》，控告盛世才。在舆论压力下，1945年7月3日国民党政府免去了盛农林部长职。
抗战胜利后，1946年10月31日国民政府监察院监察委员严庄等对盛世才又提出弹劾案，曰：“查前新疆省政府主席盛世才于二十二年前任职以来，违法犯纪，形同割据，残暴贪黩，骇人听闻，新疆人民曾有祸新记略之刊布，新疆临时参议会全体参议员又有电报之控诉，经委员等于本年7月间亲往调查，举凡该册所录电文，所举事实昭彰，即以滥用刑狱而论，被残害有名可稽者不下八万余人”。
盛世才获悉监察院受理新疆临时参议会控告其罪行后，向蒋介石写了求救信，说：“世才前于新疆省督办任内，为保障新疆领土，遏止政治阴谋起见，曾艰苦支持，作不得已之种种紧急措施，今监察院受理新疆省临时参议会控告，并提出弹劾，移付惩戒，其控告世才私人贪污部分，仍愿自负其责，至关公事，则望察情，秉公作主。”蒋介石并未食言当年为盛世才负责一切的承诺，1946年12月27日蒋介石对盛世才的信作了批示，并转政务官惩戒委员会司法行政部部长谢冠生：“查（盛）所陈政治斗争与保卫国土不得已而作种种紧急措施，尚属实情，希即密予注意，勿加深究为要”。于是盛世才得以逃过指控。盛世才离新后，先后多次遭起诉，蒋介石每次均保护其过关，他认为盛世才卒能运用其力，将新省奉献于中央，大家要明了此旨，“顾念大体，勿再责难往事”。总之，蒋介石对盛世才并未食言。1949年盛世才随蒋介石逃往台湾，任“国防部”上将参议、“行政院”光复大陆设计委员会委员，直至1970年7月13日病死于台北。
