1942年9月8日国民政府行政院派吴泽湘为外交部驻新疆特派员，主持新疆外交事务，并将新疆省原管辖的苏联边境五领馆收归中央管辖。11月28日任命盛世才兼任第八战区副司令长官，将新疆省划入朱绍良统辖下之战区范围。自1942年7月起，朱绍良四度入新，做盛世才的工作，使新疆行政权回归中央。对于中央收服盛世才，使新疆行政权回归中央，蒋介石给予极高的评价，1942年12月31日蒋介石在一年总反省中说：“新疆省主席兼督办盛世才于7月间公开反正，河西走廊马步青军队亦完成撤回青海。于是，兰州以西直达伊犁直径三千公里之领土（古代欧亚主要交通路线所经过之地区）全部收复，此为国民政府自成立以来最大之成功，其面积实倍于东北三省也”。
1943年1月8日，朱绍良与盛世才商妥，准于恢复中国国民党新疆省党部，盛世才加入中国国民党，任主任委员，以黄如今为书记长。1月16日在新疆迪化成立国民党党部，盛世才宣誓就任省党部主任委员，并宣布他服从党总裁（蒋委员长）的诚意。但关键仍然是中央的军事力量进入新疆。
盛世才自然不愿中央军入新。1943年4月，朱绍良以第八战区名义调6个徒手新兵团入新交盛世才训练，盛世才察其用意，便将新兵团士兵化整为零，有的编入省军，有的予以淘汰，带兵的下级军官调到督办公署或其他军事机关做文职工作，不让他们实际掌握兵权。中央又以协助新疆“剿匪”为由，9月派胡宗南部的十八混成旅2个团开进哈密。当时苏联红八团还未撤离哈密。第八战区司令长官朱绍良为了后续部队入新的指挥起见，特在武威成立了二十九集团军总司令部，以李铁军为总司令。总司令部后移驻酒泉。
不久，苏德战场战局好转，但在新疆问题上，苏联的处置是有政治远见的，为了同中国政府保持联盟关系，在中央势力已进驻新疆的情况下，苏联撤退了驻新疆的军队与除外交人员以外的各类人员，因为“苏联政府明白，万一日本进攻西伯利亚，中国的友好非常重要，所以通过友好方式消除可能发生的磨擦或误解的根源不失为上策”。
盛世才的反复与蒋介石的对策
国民党中央加强对新疆控制的一系列措施，威胁着盛世才新疆王的地位。在此情况下，盛世才便故技重演，再次编造“阴谋暴动案”，打击国民党在新势力，希图挽回其新疆王地位。1944年4月17日盛世才突然拘捕省委刘效藜、程东白、省党部委员兼中央训练团主任何耿光、新疆日报社社长宋念慈、副社长郎道衡、市政委员会主任王乃中等十多人。省政府委员是中央政府任命的，省党部委员是国民党中央党部委派的。盛世才对拘捕者所加罪名为：接受苏联贿赂，图谋推翻新疆现政府。1944年6月美国副总统华莱士由苏联经迪化赴重庆，外交部长王世杰代表蒋介石迎接于迪化，当时谣传华莱士此行为调整中苏邦交，可能建议国民政府调走盛世才，这等于要盛世才命根子，更促使盛世才铤而走险。1944年8月11日深夜盛世才以召开紧急会议为名，将中央政府派新人员中国国民党新疆省党部书记长黄如今、新疆省建设厅厅长林继庸等逮捕，称黄如今、林继庸等为混进国民党的共产党，目的为推翻新疆现政权，与苏联驻迪化总领事有密切联系，企图建立共产党新政权。蒋介石自然不信此言，于是蒋介石一面派朱绍良等入新安抚，一面命令入新部队挺进迪化，做好应变准备。“八·一一”黄林案发生后，蒋介石亲自召见朱绍良，朱当时正足疾复发，虽勉能举步，但不能登山，时在黄山官邸的蒋介石用其座轿从山下迎至客室门前（这在蒋介石是破例的迎客），两人商谈达三四小时之久，鉴于新疆局面的严重，为防剧变发生，要朱去新疆。最后朱表示：甘冒不测危机，亲到迪化一行。据朱绍良年谱记载：“委员长与朱先生密谈时，坐位极近，忽以手加于朱先生膝上，关切的询问朱先生有儿女多少及年龄大小？竟在负责朱先生身后”。结果，因朱绍良此行，乃得扭转危局，使盛世才离开新疆，接受中央任命农林部长。但此行确实有点惊心动魄。
时任新疆监察使的罗家伦曾有如下记述：
1944年8月15日下午朱绍良抵迪化机场，周围戒备之士兵一营，沿途步哨林立。盛氏未到，由其夫人代表。新省人员来者寥落，至于中央人员，在昔成雁行者，而今仅余一人而已。一民（朱绍良）时有足疾，不良于行；下机后余即偕登车赴东花园。吾人进入督署围墙时，即见机关枪巢四布，装甲车上炮位突出，如临大敌。彼此相顾，以冷笑报之。东花园为督署内之一部分，用作招待贵宾栖息之所。是日抵此，首先感觉者即厅之四角，各设岗位二人，各人各向一方，枪头均上刺刀。厅前阶下复有六人，持枪侍立。八面刀光，洵非虚语，亦可见其保护之周密矣。入室小憩，知一民将其精制之象牙棋子搬在行箧，乃移一小桌于前厅空洞处，取出对弈。以雍容态度，借对弈而对话，遇重要处，间用笔读，而常乱以棋声。余乃得以新局近况，扼要为一民告。彼亦密告余以中枢之决策，及将盛氏调开新疆之决心。吾人固知此项决定之允当，然亦料及恐有强烈之反应发生，惟既奉命如此，理当面对危机，以图贯彻，此非寻常之一局棋也。六时半后，盛忽至东花园，搴帘迳入，向一民与余均作寒暄歉仄之词，然后叙述其所谓阴谋暴动案之严重性，绘影绘色，滔滔不绝；然时露仓皇之形态，所述亦常难自圆其说，若是者凡历一小时余。旋设晚餐，其平时有侍应经验之副官三人，均已不见，设置餐具，概由其兄弟亲手为之。一切均不自然。吾人则持冷静态度，仍开俄产五星白兰地酒，以为一民洗尘，惟心中则颇为入狱诸君危，因余与一民均能回忆1933年6月中央命黄慕松宣抚使入新之时，即下榻于此。慕松在室内，而盛手持大扇立于厅前进门处，指挥卫士逮捕新疆政变领导人陈中、李笑天与陶明樾三人，不待审讯，立即枪决于东花园中之镇远楼下，地点即有慕松住室之侧，意在向慕松亦即中央示威也。餐毕，盛谓“朱长官沿途辛苦，请各自休息。”彼归署内新大楼，余亦以电话召使署汽车来迎。
