过了几天，中央军委的机要函件送到陈赓的办公室。陈赓翻开教学计划，首先看到的是毛泽东在第一页上“照发”的批示，然后他浏览了一遍，发现毛泽东把“学习马列主义、毛泽东思想”这句话中的“毛泽东思想”5个字用铅笔圈去了。除这一处改动外，毛泽东对整个教学计划再没有增删一个字。
陈赓首先召集党委成员学习、讨论经过毛泽东审阅过的第一期教学计划。他示意大家先看看毛泽东的批示。待大家发言之后，陈赓强调指出：“虽然主席圈去了‘毛泽东思想’这5个字，可是我们大家一定要牢记，毛泽东思想是我们全党、全军，也是我们军工各项工作的指导思想，——定要努力学习好毛泽东思想，什么时候也不能动摇。”
在共和国的教育史上，毛泽东亲自审阅、修改一所大学的教学计划，是极为罕见的。
1953年北京举行“五一”节庆祝活动，毛泽东在中南海接见了“哈军工”观礼代表团全体成员。陈赓向毛泽东一一介绍了成员的姓名和职务。毛泽东握住周明鸿的手说：“你们都是军工的开国元勋啊！”毛泽东听过陈赓的简短汇报后，边点头边说：“陈赓同志，要把军工建设好哟，让她成为中国的第二个黄埔军校。”
1953年5月15日，彭德怀亲自向毛泽东呈送了一份报告——《关于军事工程学院今后每年毕业学员人数计划的报告》。报告中说：“……要办好这样大的工程学院，确实困难很多，在我国历史上尚系创举。学校需要的各种器械装备极多，能够担任教授的人才有限，以及目前我国财力情况等等，都无充分保证。故在军委例会上经过研究，需将该院提出的每年招生数字适当减少。会后又经张宗逊同志约集有关部门具体讨论，估计在第一个五年计划完成后，全军最低需要3200名工程技术人员。因此拟确定该校每年毕业800名学员……该校只须把现有编班由15人扩大至20人，不需再增加设备，即可完成。是否可行，请批示。”
毛泽东当天就看到了这份报告，迅即作了批示：“同意这个计划，即每年以毕业800人为限度。”
这是毛泽东对“哈军工”的另一个正式书面批示。其速度之快，充分说明毛泽东对这所筹办中的大学给予了极大的关注。
“陈东平案件”发生后，毛泽东要求“哈军工”再报来一份更详细的关于高干子弟表现情况的报告，并要求：要把学员的家长是谁也写清楚
陈东平是某大军区司令员的儿子，1960年7月进入“哈军工”导弹工程系学习，平时表现极差。在1962年台湾国民党当局叫嚣反攻大陆的形势下，陈东平主动与敌特机关通信联络，情节严重，案件已经查实。1963年3月18日，总政治部保卫部部长蔡顺礼中将到“哈军工”向该院党委通报了有关情况，并与陈东平亲自谈了话，又顺便了解了一些“哈军工”高干子女的情况。院党委一致同意总政副主任萧华对陈东平的处理意见：开除学籍、团籍、军籍，实行劳动教养。
4月16日，蔡顺礼把总政保卫部起草的《关于陈东平案件调查处理情况的报告》送到萧华手中。报告说：“陈东平案件”给了我们许多有益的教训。从陈东平本人来说，是“身在福中不知福”，“自来红”的优越感，妨碍了他的思想改造；对家庭的依赖思想，使他失去了前进的动力；生活上的堕落，使他走到政治上的变质。他在领导、群众和父母面前是一个模样，背着他们又是另一个模样，这种表里不一的两面态度，是他的“病症”得不到及时诊治的重要原因。难怪他自己也说：“真正害了我的，就是自己的不老实，耍小聪明，嘴说漂亮话，心想肮脏事，我吃这个亏吃了十几年，一直弄到现在这个地步。”
从家庭方面来说，主要是管教不严，对其缺点多半采取原谅态度。从小学到大学，他有许多应该跌跤的地方，但都没有跌跤，都被保护过关了。在这方面，家庭也是有责任的。学校在解决青年的思想问题方面，负有主要的责任。从小学到大学，竟没有一个地方认真地帮助陈东平解决过思想问题；对他违反道德纪律的那些事情，都没有加以追究和处理，也没有进行认真的批判，皆不了了之……
萧华看罢报告，神色凝重，摇头叹道：“真是个严重的教训啊！”沉默片刻，他又问蔡顺礼：“给陈东平这个宽大处理，不会有问题吧？”
蔡顺礼说：“鉴于他能主动交代问题，对所犯错误及其思想根源反省得比较彻底，有悔改决心，所以考虑给他一个改过自新的机会，不戴反革命帽子，团内开除团籍，行政上开除军籍、学籍，劳教两年。”
