九爷府会议
1948年6月，为围困和解放长春，东北军区组建第一前线指挥所，肖劲光任司令员，肖华任政委，陈光任副司令员，参与了围困和解放长春的指挥。
当时，正处于大决战的前后。在战场驰骋，为党和人民捐躯当作自己最大愿望的陈光却被迫置身于战争的边缘，他内心的郁闷可想而知。
1948年11月，陈光随东北野战军机关入关，1月底，进入北京。不久，毛泽东签署命令，任命陈光为第四野战军副参谋长。陈光又为之一喜，他终于可以直接为战争做一些事了。
当陈光准备随军南下，在革命斗争中贡献自己力量的时候，3月27日至4月5日，第四野战军司令部在朝阳门内的九爷府召开了高级干部会议，传达七届二中全会精神。林彪在会上作了《论团结》的报告。他首先讲了团结是无产阶级战胜敌人的武器，随后结合七届二中全会决议的精神，讲了反对骄傲自满和加强集体领导的问题。在讲话中他却把陈光作为骄傲的典型而予以点名批评。陈光当时就坐在台下第一排。性情刚烈、暴躁的他听到林彪突然点名批评他，毫无思想准备，很快起身，匆匆离开会场。林彪这篇讲话的题目是《论团结》，但他这种点名的方式显然并非为了同陈光团结。
正兴冲冲准备参与南下作战的陈光，突然又被林彪兜头一棒，他的情绪又一次降到冰点。
被软禁的日子
1950年1月，陈光被任命为广东省军区副司令员兼广州警备区司令员。广州离他的家乡湖南宜章较近，宜章有一些亲戚朋友，烈士子弟慕名来找他，其中有的人同当时在海南岛的国民党军的头面人物有联系。陈光想通过他们对海南岛的国民党军进行策反。海南解放后，陈光仍同海外一些人士保持联络关系。在这些关系中难免有良莠不齐的现象。他还开办过招收知识青年的训练班。在这些他并不熟悉的领域，工作中也难免有失误。这些错误并非敌我矛盾，他却受到不公正的对待，被撤职、开除党籍。
向他宣布撤职时采取了突然袭击的方式。7月23日，当时任广州军区参谋长的李作鹏以老部下、老战友的身份邀请陈到荔枝湖公园划船散心。陈走后，保卫部的干部立即进入，查抄了陈光的住处，缴了陈的警卫员的枪。陈光一回来，就在他居住的二楼卧室内向他当面宣布撤销广东省军区副司令员和广州警备区司令员的职务，他被软禁起来，警卫人员全部调换，只留了一个老炊事员给他做饭。1950年10月，又把他转移到武汉继续软禁。
1951年2月，陈光被错误开除党籍。在对陈光的处分决议中把1946年因形势变化，电台未调到总部说成是“将联络大部分部队的电台无理霸占，抗命不交”，将1947年初带侦察连到松花江以南进行侦察说成是“自作聪明，不按总部部署调动部队，竟于危急之际，按兵不动”，还无中生有地说他指挥部队第一次解放长春后“缴获大量伪满币和烟厂，也据为己有，不交上级”。解放长春后紧接着就是北撤，进行新站、拉法战斗。显然，陈光不可能身背着烟厂和伪满币上前线。
在这些指责后面，可以看到林彪的影子。
陈光在被软禁以后，曾一度拒绝理发和刮胡子，同皖南事变后的叶挺一样，蓄发蓄须以明志。他除读书外，还写了不少东西，有用钢笔写的，也有用毛笔写的。从内容看，有成段的回忆录，也有随手写的片言只语。写这些东西主要是为了排遣自己的孤独和愤懑。他那一腔悲愤无人可以诉说，只有付诸笔端了。他通过这些反思了自己的一生，也反思了他和林彪的关系。在回忆同林彪结识的水南、值夏战斗时，他写道：
我说他(指林彪)无品质的人，我说他无修养的人，我说他无气量的人，我说他没有共产党道德的人，为什么如此呢，说他不(无)呢？
