教三旅活动区域内有许多设防坚固的敌据点，日军的这一套做法与当年蒋介石“围剿”中央苏区的“堡垒战术”如出一辙。王秉璋在红军时期就长期思考如何立足现有装备，打破敌人的“堡垒战术”。此时，他已经摸索出一套对付敌人的办法，只是还没经过实战检验，这就是交通壕近迫作业攻坚战术。这套战术在最初使用时，一些团、营级干部不以为然，但他们在血的教训面前不得不信服：凡采用这套战术的，都能以较小的伤亡代价攻克敌据点；而没有采纳的，不是伤亡惨重，就是没有攻克敌据点。
1942年12月，王秉璋调任教四旅旅长兼湖西军分区司令员。此时的湖西根据地在日、伪、顽三股势力的压迫下处境极为艰难，教四旅牺牲了1名团长，有8名营以上干部开了“小差”。敌人在根据地内“三里一碉堡，十里两方城”，大修据点，并驱使群众挖纵横交错的“井”字形封锁沟。王秉璋一到湖西，即将他的那套交通壕近迫作业攻坚战术发挥到了极致。最典型的战例是1943年7月的“反碉堡战役”，经过周密部署和充分准备，教四旅仅用一个晚上加一个上午的时间，就夺取了日伪据点130多个，以伤亡100多人的轻微代价，取得歼敌近万人的战果。在湖西的一系列战斗中，交通壕近迫攻坚战术在实战中日臻完善，获得了巨大战果，彻底扭转了湖西的被动局势。1951年2月，毛泽东到空军视察时，曾当面表扬王秉璋：“你在鲁西南那段搞得不错嘛！”原国防大学校长朱敦法上将在审阅《中共党史人物传·王秉璋》时曾批注：王秉璋“给广大干部战士和人民群众留下的印象很深，认为他是英勇善战、多谋善断的军事指挥员。他既能打硬仗，也能打巧仗，并且善于总结作战经验，带出了一批优秀的军政干部。在他离开湖西的时候，各项工作可以说都画上了一个圆满的句号”。
1944年底，王秉璋率八路军3个团南下支援新四军作战，他向新四军第四师介绍了交通壕近迫作业攻坚战术，引起该师首长的高度重视。11月8日，第四师营以上干部在曹市集专门听王秉璋作报告。王秉璋率部北返后，第四师司令部将这个报告付印成小册子，取名为《交通壕攻击》。张震参谋长在序言中称其为“战术上之新创造”，并言“在近迫作业及作业与火力配合上使顽敌几无漏隙可乘”。
交通壕近迫作业攻坚战术在抗战末期和解放战争中逐渐推广开来，尤其在三大战役中发挥了巨大威力。如辽沈战役中攻克义县和锦州之战，淮海战役中围歼黄百韬、黄维兵团和杜聿明集团之战，平津战役中攻克天津之战。
最先获得任命的三位空军将领之一
1949年10月25日，中央军委任命刘亚楼为空军司令员、肖华为空军政委兼政治部主任、王秉璋为空军参谋长。这是最先获得任命的三位人民空军将领。
抗美援朝战争期间，王秉璋负责空军的作战和训练。空军参战后，他几乎每个月都要到安东前线去了解作战情况，解决具体问题，传达军委、总部和空军的命令，帮助志愿军空军制定作战计划。有时候，他在安东一呆就是一二十天，甚至时间更长些。情况紧急的时候，他一个晚上就在安东与北京之间飞两个来回。特别是在刘亚楼因病休养期间，王秉璋的作用显得更为突出，他直接受领军委的指示和命令，并主持制定空军的作战计划。笔者在档案中看到不少作战计划是以王秉璋个人的名义上报总参和毛泽东的。例如1952年7月的中、苏、朝三国空军联合作战计划，上有粟裕副总长的笔迹：“此计划已经主席同意，望按此执行。此致空军王参谋长。”
空军参战之前，刘亚楼曾希望达到“不鸣则已，一鸣惊人”的效果，也就是在充分的准备之后，突然大规模投入作战，取得较大战果。后来，毛泽东说：“一鸣则已，不必惊人。”这反映了中央和毛泽东对空军谨慎使用的态度。
在空军如何使用的问题上，中、苏两国有分歧，苏联对中国的态度不理解。当时，斯大林的代表扎哈罗夫大将与主持中央军委工作的周恩来发生过两次争执，一次是在六国饭店，另一次是在周恩来的家中。在这两次争执中，王秉璋都在场。扎哈罗夫说：“你们太谨慎了，打仗哪能没有牺牲，大不了损失一些飞机和飞行员，就是天上飞的麻雀也有不慎掉下来的嘛！”周恩来说：“不是我们不愿意做出更大的民族牺牲，如果是陆军牺牲50万，甚至100万，我们都可以承受，但是空军不行！空军是刚刚出土的嫩芽，把它掐掉了就没法成长了。我们的原则是在战争中学习战争，在战争中壮大发展，目的是越战越强；如果越战越弱，最终元气大伤，甚至动摇了赖以发展的根本，那是我们不能接受的。”这期间，中、苏双方为中国空军战前准备和参战等问题进行过反复磋商，毛泽东发给斯大林的不少电报就是由王秉璋起草的。
王秉璋在战争期间多次前往安东，尤其是在战局出现不利的情况时。1952年初，敌我空战损失飞机的比例由3∶1下降到接近1∶1。王秉璋一个晚上从安东到北京飞两个来回，就是为了解决这个问题。他受空军党委委托前往安东调查空战失利的原因。本来是去解决战术问题的，结果又发现不少其他问题，如作风纪律问题。王秉璋这次在安东一呆就是30天，帮助空联司一边研究、制定战术，一边整顿部队的作风纪律。通过这次整顿和制定新战术，空战形势很快扭转过来了。当然，以后又有反复，抗美援朝战争是艰难曲折的。
