1966年8月底，在吴传启、林聿时主持的一次红卫兵联队主要负责人的会议上，吴传启拿出笔记本，说：“毛主席最近写了一张大字报，是批判刘少奇的。”接着，他就抑扬顿挫地将毛主席的《我的一张大字报》读了一遍。这张大字报在当时属于绝密，可吴传启很快就拿到了，这显然是关锋传给他的。靠着关锋的支持，吴传启、林聿时利用红卫兵联队，同反对他的红卫兵总队进行着日益激烈的斗争。
总队的一个专门小组，查阅了吴传启的历史和大量文章，以各种形式揭发和宣扬他的“罪行”，将他定为“三反分子”穷追猛打。其中最要害的是吴在一次会上攻击大跃进的话：“裤子赔光了，还谈什么政治！”哲学所的保吴铁杆分子则针对总队提出的指控一一进行反驳。后来双方达成协议，于1966年的9月12日至17日，进行了七天的大会辩论，一对一发言，双方都使出浑身解数，声嘶力竭，唇枪舌剑。结果自然是谁也不服输。总队于是将吴的“罪行”材料抄成大字报，印成小字报，贴满北京城。重复最多的是吴的点睛之论“裤子赔光了，还谈什么政治！”一时间将吴搞得灰头土脸。
在辩论会进行的同时，吴传启、林聿时正通过关锋运作，要求陶铸出面保吴传启。9月20日，陶铸以中共中央政治局常委、中央宣传部长的身份发出了四点指示，中心内容是肯定吴是“革命左派”，“中央宣传部对他是信任和支持的”，但也指明，群众对吴的问题可以辩论。拿到陶铸的四点指示，吴、林如获至宝，立即印成传单广为散发。至此，明眼人都意识到，吴、林上面有“硬根子”，是不易扳倒的。此后，总队每况愈下，其中的不少群众纷纷“反戈一击”，站到了联队方面。
进入1966年12月，毛泽东和中央文革小组决定抛出陶铸。最先得到内部信息的人民教育出版社李冠英等人于12月19日贴出批判陶铸的大字报，指控他“推行资产阶级反动路线”，同样得到内部信息的吴、林立即紧紧跟上，指使联队到中宣部大院贴出“打倒陶铸”的大标语和大字报。蒙在鼓里的总队认为陶铸是当时中央的第四号人物，怎么也不应该打倒。于是也组织人到中宣部大院贴出“谁反对陶铸，就砸烂谁的狗头”的大标语和大字报。总队棋失一着，更加被动。
吴、林对陶铸的垮台欣喜若狂，一面指使哲学所周景芳等50余人联名于12月23日贴出《陶铸在两条路线斗争中到底站在哪一边？》的大字报，同时动员其他所也贴出攻击陶铸的大字报，大造声势；一面要联队出面，与教育部延安公社、北师大井冈山兵团等造反组织联合成立“批判陶铸联络委员会”，将批陶的旗帜牢牢抓在自己手上。
然而，这时的吴、林也面临着一个难题：如何解释陶铸“九二〇”保吴的四点指示？因为在多数群众看来，这个指示是“吴、林与陶铸勾结的铁证”。其实，这种事的辩证在以耍笔杆子为职业，极尽翻云覆雨之能事的吴、林那里，不过是小菜一碟。他们立即指使几个人贴出批判“四点指示”的大字报，硬说“四点指示”是“陶铸反革命两面派的阴谋”，明里保吴传启，实际上“支持总队继续整吴传启的黑材料”。
1967年初，吴传启、林聿时操纵联队，以打、砸、抢、抓、抄的血腥手段，将总队打垮，暂时实现了他们在学部的“一统天下”。紧接着，所谓大批判开始，吴、林利用他们与王、关、戚、穆欣、林杰等人的关系，在《人民日报》、《光明日报》和《红旗》杂志发表了大量批判刘少奇的文章，出尽了风头。
不过，联队中对吴、林飞扬跋扈、颐指气使、专断独行不满的人越来越多。这些人逐渐结合在一起，酝酿对他们展开新的斗争。1967年4月初，傅崇兰联合近代史研究所张德信、张海鹏，外国文学所吴元迈，经济所吴敬琏、黄范章，宗教所金易九、黄心川以及其他所对吴传启、林聿时不满的部分人，决心拉出队伍同吴、林对着干。为此，张显清和我都认为，在我们正式向林、吴发难前，我们应该向戚本禹写一份翔实的报告，说明他们的问题和我们不得已向他们发难的苦衷。由于我们所文革小组内部几个人和部分群众不同意与吴、林分裂，一旦我们发难，历史所的文革小组和我们一派的群众也就分裂了。这一点我们都充分估计到了。傅、张和我三人在分析了各种可能遇到的困难和问题以后，决心不惜分裂，带领一部分群众向吴、林发难。为此，我起草了一份翔实的报告，将吴、林的劣迹作了详尽的记述，希望戚本禹能支持我们的行动。报告送上去以后，我们立即给当时戚的秘书李斌城打电话，要他尽快将我们的报告让戚看到并表态。李说他已经将我们的报告放在送阅文件报告的第一份，戚第一眼就能看到。第二天，我们再打电话给李问情况，李说戚已经看到了，但脸色很难看，没有在你们的报告上批一个字。对戚的态度，我们三人进行分析，认为戚与关锋关系很好，而吴、林又是关执意支持的。关也知道戚一直支持我们。我们向吴、林发难，关可能怀疑是戚背后支持的，我们的行动使戚很作难。在这种情况下，戚不明确表态反对，我们就可以干了。就这样，我们与吴、林一派分裂，另立了一个山头。被打垮的总队看到我们起而反对吴、林，也趁机再起，恢复活动。由于总队是一直反吴、林的，我们也拉队伍反吴、林，我们之间的斗争自然也就停止了。但我们两派并没有实现联合，原因一是总队此时对我们存有戒心，二是我们也觉得总队是“老保”，我们这些响当当的造反派羞于与他们为伍。至此，学部就分成了三大派。
