毛泽东指示西藏工委：“目前策略，应是军事上采守势，政治上采攻势。目的是：分化上层，争取尽可能多的人站在我们一边，包括一部分活佛、喇嘛在内，使他们两派决裂；教育下层，准备群众条件；引诱敌人进攻，准备在拉萨大打一仗。”
同一天，中共中央电复西藏工委并四川、甘肃、青海、云南4省省委和军区，就西藏上层公开暴露叛国面貌之后应采取的措施作出指示：中央认为，“西藏上层公开暴露叛国反动面貌，是很好的事。我们的方针应该是让他们更加嚣张，更加暴露，我们平乱的理由就更为充分。”
对如何应对叛乱分子的叛乱活动，中央提出了五条措施。一是在人民群众中传布，着重揭露他们劫持达赖进行叛国的阴谋。二明确告诉一切靠近我们的人，西藏永远是中国的领土，如果反动派叛国，中央将采取坚决的行动予以平定。三是对达赖本人仍多方做争取工作。四是对拉萨四周的反动武装进入市区不要阻挡，如果阻挡则在形式上是我们先打，这样在政治上不利。五是注意收集对方的叛国证据。
12日，西藏工委和西藏军区接到中央的电报和中央转发的毛泽东的电报后，立即作出了军事部署，命令各部队迅速做好战斗准备，坚决平息叛乱。部队接到命令后，一面抵抗冲击的叛匪，一面做出击的准备。
与此同时，中央军委也紧急拟定入藏部队行动方案，并于13日和20日先后向兰州、西藏、成都、北京军区下达了行动命令，明确了关系。其内容是：以陆军54军军长丁盛组织指挥所（简称丁指），率该军步兵第一三四师、兰州独立野战第十一师从青藏线入藏，进入拉萨地区，丁指归西藏军区指挥；命在北京开会的西藏军区司令员张国华立即乘飞机赶到格尔木，指挥丁指的一三四师、十一师沿藏北张开网口合围拉萨；命成都军区副司令员黄新廷组织指挥所（简称黄指），率一三○师及步兵一六二团沿川藏公路向昌都开进，并指挥昌都警备区部队，担负昌都地区平叛，对拉萨形成合围，黄指归成都军区指挥；命昆明军区步兵第四十二师指挥所率步兵一二六团，从藏东南进至盐进地区，归黄指指挥，截断叛乱武装东南出境之路，对拉萨形成大合围之势；命空军及总后勤部有关部门作好空中支援和物资保障工作。
中央军委下达的行动方案除兵力调动的内容外，又再次要求西藏军区，对现有的各据点，必须坚决长期坚守，让叛军向我攻击，攻击的次数愈多愈好，以便能大量杀伤敌人。在初期切不要主动出击，只有敌人冲入我阵地前面时，才用反冲击击退之。
3月17日，拉萨叛乱武装连续向我青拉站的油库、碉堡、汽车等地和目标进行冲击。西藏军区一面指挥坚守各据点的部队进行自卫，一面向中央军委报告当前的情况。
3月18日，中央军委复电西藏军区，指出，敌之行动，对我彻底解决西藏问题甚为有利。为了麻痹敌人，造成大打一仗的有利形势，你们最近期间对叛乱武装的零星射击和小的挑衅进攻，要故意示弱，暂不还击；纵其嚣张，诱附近的叛乱分子向拉萨多集中一些。这样我增援部队到达时即可对其聚而歼之。
我西藏军区各部队遵照党中央、中央军委和毛泽东的指示，对小股叛军的挑衅行动采取忍让的态度，暂不还击。对此，西藏地方政府上层反动分子错误地认为解放军软弱可欺，更加疯狂地向解放军进攻。
1959年3月20日凌晨3时40分，拉萨河南渡口的叛匪向西藏军区159团发起进攻。与此同时，在拉萨市区围困西藏工委、各机关、单位和部队的叛匪，也向各被包围点发起攻击。
面对叛乱分子的大规模进攻，西藏军区政委谭冠三一面指挥部队抗击，一面将此情况上报中央及中央军委，并汇报达赖可能逃离拉萨。
还在湖北视察的毛泽东指示军委，要求西藏军区把叛乱武装死死吸在拉萨，等待增援部队进藏时对其进行合围，将噶厦叛乱集团干净、全部、彻底歼灭于拉萨。毛泽东的这一战略部署是很有远见的。因为只有一开始不给叛乱武装以很大的杀伤，才能将叛乱武装紧紧地吸在拉萨，为尔后人民解放军聚而歼之创造条件。如果一开始就给敌以很大杀伤，叛乱武装一看形势不好，很可能四处逃窜，而西藏地域辽阔，要剿灭分散逃窜的叛乱武装是很困难的。为此，在3月12日给中央的电报中，毛泽东就指示西藏工委，对叛军进行军事打击的战略是：“引诱敌人进攻。如果敌人进攻时，在初期，不要多杀伤，更不要出击，最好使他们先得一些小胜利，使他们感到驱汉有望，才有大打一仗的可能。否则只会小打一阵，仓皇逃走。”这次，毛泽东再次指示西藏军区紧紧吸住敌人，待增援部队到达时将敌全部歼灭。
对于达赖可能要逃跑的问题，毛泽东指示西藏工委，噶厦集团公开叛乱，达赖逃跑，叛乱武装攻击人民解放军，西藏政治形势完全明朗，这是极好的事。对达赖逃跑，“人民解放军一概不要拦阻，无论去山南，去印度，让他们去。”但是达赖这块招牌还有可能利用之处。对于达赖逃跑，暂不向外宣传，暂时不把达赖放在叛国头子之内，只宣传叛国分子挟持达赖，这对于打击敌人利用达赖名义号召群众叛乱可能有好处。毛泽东还指出，为了打击敌人利用达赖名义号召群众叛乱，西藏工委应将达赖写给谭冠三的三封信和我们的第一封复信在人民中广为散发，以使群众了解达赖是被噶厦集团强行架走的。
早在西藏地方政府叛国集团密谋发动叛乱之际，毛泽东对达赖可能出走或被叛乱分子劫持出走已有预测。为此，当达赖被噶厦集团软禁后于3月11日给谭冠三写信说明自己的处境时，毛泽东曾致电中央：“以谭冠三的名义答复达赖一封信很好，如有复信，应再复一封，以后礼尚往来，可再给信。这些信准备将来发表，无非是等待叛国分子、分裂分子悔悟回头。希望达赖本着历次诺言，与中央一心平息叛乱。”
