从上述两件事情可以看出，刘少奇是坚决主张开展四清运动的，他的思想基础和实践基础，主要有两个方面：一是，他认为，中国共产党内产生了蜕化变质分子、贪污腐化分子、意志不坚定分子，中国社会又产生了新的资产阶级，特别是中国共产党内和国家干部中产生了新的资产阶级。中共八届十中全会提出抓阶级斗争，符合中国实际情况。但是，这个决定没有引起全党的重视，有的省市贯彻很不得力。而开展四清运动就是抓阶级斗争的一个重大决策，必须进行。二是，他认为，苏联产生了修正主义，国际共产主义运动出现了波折，这些都应该引起中国共产党的警惕。为了保证中国共产党不出修正主义，不仅这一代不出修正主义，而且后代也不出修正主义，必须开展防修反修运动。四清运动就是防修反修的一个重大措施，必须开展。对刘少奇当时坚决主张开展四清运动的这两方面的思想基础和实践基础，应当正视，应当深入研究。
运动第二阶段：比土地改革更为广泛更为复杂更为深刻的大规模的群众运动
四清运动的铺开和深入阶段，刘少奇指导运动的思想和实践，集中体现在四件事情方面。
第一，起草和批发了一系列关于四清运动的文件。四清运动的铺开和深入阶段，毛泽东、刘少奇等中央领导人在总结运动上一阶段经验的基础上，对四清运动的具体方针政策进行了研究及调整。1964年5月，中央召开工作会议，决定成立“五反”“四清”运动指挥部。8月初，中共中央书记处会议正式决定由刘少奇挂帅“五反”“四清”运动指挥部。位居四清运动领导工作第一位的刘少奇，主持了对《后十条》的全面修改，为中央起草和批转了一系列关于四清运动的文件，如：桃园经验、小站地区夺权的报告、白银厂夺权报告、北大社教试点经验、《关于社会主义教育运动夺权斗争问题的指示》等，使四清运动由“小四清”（清账目，清仓库，清财物，清工分）演变为“大四清”（清政治，清经济，清思想，清组织），进一步向“左”的方向发展。四清运动各重点县区集中上万人的工作团，撇开当地的各级党组织和广大基层干部，搞“大兵团作战”，在众多地区开展夺权斗争，不断扩大打击面，致使基层干部人人自危，受到过火的斗争，使“夺权”成为这一阶段运动的突出特征[4]。
第二，认定四清运动中很多干部表现出严重的右倾思想，对运动领导不力，必须开展反右倾思想的斗争。1964年6月开始，刘少奇到全国许多地区视察四清运动开展情况，除了在广州主持修改《后十条》外，还针对四清运动开展情况作了多次讲话。他认定，国内阶级斗争形势比预想的更为严重，强调说：四清运动中，许多领导干部右倾，要反右倾。6月21日，刘亚楼、吴法宪致信王光美，反映抚宁县公安局的问题，刘少奇看信后于7月3日批示：抚宁县委和县公安局的错误，实质上是严重的右倾思想的表现。7月24日，他在河南省委、各地市委第一书记座谈会上，又指出：社会主义教育运动是个大革命，实际上比土地改革、合作化运动，比过去任何一次革命都广泛、深刻、复杂得多。领导干部不亲自去蹲点，没有资格当地委书记、省委书记。不下去蹲点，就是右倾思想表现[5]。7月30日，在中央工作会议上，刘少奇说：我这次在各地的讲话，实际上是批驳右倾机会主义，只是没有戴帽子[6]。8月11日，他在广东听中共广东省委负责人汇报四清运动情况时，又指出：现在党内严重右倾思想相当普遍[7]。10月12日，经毛泽东、周恩来、邓小平等同意，刘少奇批发《李雪峰致刘少奇的信》，再次强调：在目前情况下，不向党内各级干部明确地指出当前的主要的危险是右倾危险，是不利的[8]。10月18日，刘少奇复信李富春还指出：右倾危险是当前的主要危险。主要表现在阶级斗争、经营管理方法、干部的精神状态和生活作风方面[9]。此前，9月30日，刘少奇答江渭清的信，就严厉批评过江渭清等领导干部在四清运动中的右倾思想，指出要反右倾。江渭清在回忆录中说：刘少奇同志脾气大得很，他在山东已经发了脾气，到合肥发了大脾气，强调国内阶级斗争的严重性，提出四清运动中要反右倾[10]。从以上引证可知，刘少奇视察四清运动开展情况后，认为四清运动过程中领导干部存在严重右倾思想，应该开展反右倾。这是刘少奇指导四清运动的一个基本思想，四清运动向更“左”的方向发展，反右倾斗争是一个根本原因。
第三，刘少奇领导四清运动，以反运动中的右倾为基本指导思想，提出“挖根子”主张。前已论及，刘少奇认为，四清运动“是一次比土地改革运动更为广泛、更为复杂、更为深刻的大规模的群众运动”，“当前的农村革命斗争，是一场新的革命，一场内容十分丰富、具有许多新的特点的革命。现在，敌人反对无产阶级专政和社会主义的方法，更加狡猾了。他们对干部拉拢腐蚀，实行和平演变，建立反革命的两面政权，还利用我们文件中的某些条文同我们进行合法的斗争”，我们搞四清运动，就是要防止中国出修正主义，挖修正主义根子[11]，要在运动中摧垮“反革命两面政权”[12]。他强调说：苏联搞了40年，出了修正主义！因此，也要想想我们会不会搞修正主义！凡是不注意的一定会搞。如果出了这种情况，“一个省可以独立，可以造反”[13]。刘少奇多次指出：在农村里，干部出问题，分为两种，一种是犯一般的“四不清”，一种是犯严重的“四不清”[14]。敢犯严重的“四不清”，有根子。1964年春节期间，刘少奇在听取王光美的汇报时提出：敢犯严重的“四不清”，根子是封建主义和资本主义势力的腐蚀和影响，如一般所说的“错在干部，根子在地、富”，这是下面的根子，群众还提出有上面的根子，应该切实查一下上边的根子。犯严重“四不清”，如果没有上面干部的保护，就不敢犯那么严重“四不清”，不敢犯大错误。科员不拉科长下水；科长不拉处长下水；处长不拉部长下水，就不敢乱搞、大搞。生产队干部没有大队干部撑腰；大队干部没有公社干部撑腰；公社干部没有上面干部撑腰，就不敢胡搞。因此，可以挖严重“四不清”在上面的根子。
自1964年6月起，刘少奇视察全国各地的四清运动开展情况。在这个过程中，刘少奇多次强调：要挖严重“四不清”的根子，要追上面的根子直至中央。6月2日，刘少奇主持政治局常委、书记处书记和中央局第一书记会议，他指出：“和平演变”已经演变到高级机关中的某些人，省委、市委都有他们的人。一切有严重问题的人和集团，都要积极向上级领导机关找靠山，找保护人，找代理人，就是找上层建筑来保护[15]。根子不仅上面有，而且上下左右都有根子，就是上下左右都有联系。不仅追下面的根子，上面的根子也要追，上面的根子更危险，一律要追，追到什么地方算什么地方，是公社的追到公社，是县委的追到县委，是地委的追到地委，是省委的追到省委，是中央的追到中央[16]。值得注意的是，刘少奇还把“追根子”思想写入了《后十条》修改案中。
由以上引证可知，“追根子”是刘少奇在四清运动铺开后的又一个重要思想。这个思想与他提出的“中国共产党内和国家干部中间，劳动人民中间”产生了“新的资产阶级”有着直接联系。
