更为严重的是，公社党委对社教运动中一系列问题的看法与社教工作队员存在严重分歧，连续争论了五次。这些分歧主要是：要不要揭开阶级斗争盖子？工作队是不是一切要通过和依靠党支部与基层干部？对干部的说服教育是不是取消思想斗争？要不要依靠贫下中农，要不要发动群众？对干部“四不清”的经济退赔应当从严还是从宽？运动后期，对少数存在问题的干部要不要调整其领导职务？运动是妨碍生产还是促进生产？
在争论中，工作队坚持认为高沟公社干部存在很严重的阶级问题，同时强调依靠贫下中农、放手发动群众，把基层干部撇开，退赔从严，严厉处理干部等等。对于工作队的这种认识与看法，高沟公社党委没有赞同，对工作队在运动中的做法也十分反感。结果上述种种对立情绪的积累和加深，孕育了“高沟事件”。
在运动的后期，特别是运动结束、工作队撤离高沟镇后，积累起来的矛盾终于爆发，有些基层干部对贫协组织、贫下中农进行“打击报复”、“反清算”。据第34期《农村社教运动简报》所载：至1964年7月中旬，打击报复贫下中农事件已发展到18起，遭到打击报复的贫下中农有531户，其中遭捆绑吊打的74人(内有被打伤的13人，被打流产的2人)，被克扣口粮、扣工分罚款的199人，被逼外流的83人，因扣口粮而出现身体浮肿的23人，被逼自杀未遂的3人，被诬陷的29人。之后，淮阴地委、涟水县委、高沟公社党委处理了其中的5件。
“高沟事件”被定性为一起“现行反革命事件”
7月2日到8月8日，江苏省委召开四届四次全会。7月21日，在这次会议分组讨论中对高沟社教发生争论，淮阴地委秘书长张景良在淮阴专区小组会上做了《一场重大原则问题的争论》的发言，总结了经验教训：要以彻底革命精神，解决公社党委的问题；要自始至终地发动群众；要善始善终把运动搞深、搞透、搞彻底；要追根子。这篇“上纲上线”的文章，与当时正在南京视察四清运动的国家主席刘少奇的思路相吻合。
这里需要交代一下的是，1964年5月中央工作会议对于国内形势作出了严重估计，提出“三分之一的社队领导权不在我们手里”的论断，“左”倾指导思想急剧升温。会后，刘少奇视察各地，对四清运动发表了一系列讲话，助长了整个运动“左”的倾向。时任江苏省委第一书记的江渭清在《七十年征程》中回忆：刘少奇在南京期间发表多次讲话，批评了包括江苏在内的全国城乡社会主义教育。刘少奇认为，“也许不止三分之一领导权不在我们手里”；“真正有严重问题的”、“四不清”的干部占基层干部的多数，不是少数；没有多少问题的、可靠的、团结95%群众的干部很少，不是多数；因此，如何认识对基层干部“又依靠又不依靠”的关系，应该是“靠得住就靠，不可靠就不靠”，而且“要等基层干部改变了，再来依靠”。
刘少奇反复强调只有团结95%群众，才能团结95%干部；要放手发动群众；群众尚未发动，先交代具体政策，就会变成束缚群众手脚的“框框”。刘少奇再次强调要“追根子”，认为生产队有严重问题，一定是大队有人保护；大队有严重问题，一定是公社有人保护；公社有严重问题，一定是县委、地委有人保护；地委有严重问题，一定是省里、中央有人。“四不清”的根子在上面，不可不追。
刘少奇的讲话对正在举行的江苏省委四届四次全会产生了很大影响，张景良《一场重大原则问题的争论》发言受到刘少奇赞赏。江苏省委将这场争论整理成会议纪要送中央领导审阅。7月29日，王光美曾打电话给江渭清，传达刘少奇对“高沟事件”的指示：这是一起“反党、反人民、反社会主义性质的现行反革命事件”。8月下旬，在中央召开的六个大区书记和江苏等八个省委的负责干部座谈会上，刘少奇重申对“高沟事件”要作“现行反革命处理”，要以此为典型，追上面的“根子”。
根据刘少奇讲话精神，8月22日，江苏省委批转《淮阴地委张景良同志在省委四届四次全会(扩大)上的发言》，批语中提到：“涟水县高沟公社在社教运动中发生十几起打击报复贫下中农的事件，性质是极其严重的，教训是极其深刻的。……这个事件说明：高沟公社党委、涟水县委对待革命运动的态度都是错误的。
高沟公社党委对待这一伟大的革命运动一直是抵触和反对的，而涟水县委没有坚决支持革命的群众，对打击报复事件又未能及时制止，客观上纵容包庇了坏人坏事。”“在运动中打击报复贫下中农实质上就是反对社会主义革命。必须及时地大张旗鼓地进行严肃处理，以打退阶级敌人的猖狂反扑，维护革命群众的利益。对这种反对社会主义革命的行为姑息迁就、纵容包庇就是对革命的犯罪行为。”但是中央认为这个批语“不够坚定明确”，江苏省委随之检讨了他们对“这一事件的严重性质缺乏深刻的分析”，“对中央、主席、少奇同志的指示领会不深”。
9月2日，中央发出539号文件，转发湖南迎丰公社反革命事件和江苏张景良的“发言”。中央在批示中指出：张景良的发言是一篇很好的发言，要求对“高沟事件”按现行反革命事件处理。
