9月8日，江苏省委第一书记江渭清以个人名义写信给刘少奇，向他汇报全省运动进展情况以及正在讨论对“高沟事件”的处理。9月22日，江苏省委正式作出对“高沟事件”的处理决定，并向中央和华东局作了报告。江苏省委在《关于处理涟水县高沟公社反革命事件的报告》中进一步认定：高沟公社的打击报复事件是以蜕化变质分子、地富反坏分子为首，纠合一部分严重“四不清”的干部和投机倒把分子，为反对“四清”、反对贫下中农掌权、破坏社会主义教育运动成果所进行的反革命复辟行为。“高沟事件”实质上是一场“复辟与反复辟”的严重斗争。
在处理决定中，省委指出：“现在既然阶级敌人摆开阵势向我们反扑，我们也就应当摆开阵势进行反击。”为夺回公社领导权，省委派出淮阴地委第二书记杜文白、地委秘书长张景良、省监委副书记康迪率领工作组前往处理。工作组到高沟公社后，先后召开公社党委会议、公社三级干部会议和贫下中农代表会议以及大队的支部大会，对事件嫌疑人和责任人进行了组织处理。
据《江苏省农村社教运动大事记》载：到9月30日止，先后处理结束30起，共有23个干部被处理，其中撤职18人，开除党籍3人，逮捕法办2人，另外32起正在处理。撤销高沟公社党委书记司德义、副书记万百川、副社长李云亮的职务，涟水县委书记孙燮华以及县委常委、副县长秦达志均停职检查。
高沟社教被推倒重来
工作组确定对高沟社教推倒重来，工作队在高沟代替包办一切。工作队一些领导人在阶级斗争运动中“宁左勿右”，公开提出“刨根子”、“挖须子”等错误口号，以“夺权”为重要内容，普遍采取针对敌我矛盾的方法，把干部中存在的一些问题提高到“和平演变”、“建立反革命两面政权”上来进行斗争。
据1964年12月25日《社教情况简报》载：全公社21个有夺权斗争对象的大队，有16个单位已基本进入高潮，2个单位向高潮发展；夺权的对象一般都斗争了四五次，重点对象已斗过七八场。斗争手段主要以“打蛇先打头”的办法，集中力量首先斗倒主要“敌人”；少数大队采取从下向上搞的办法，先斩断主要“敌人”的须子，然后集中力量围剿“首恶”。
工作队经过多次组织群众揭发、提审干部、挂牌游乡、抄家等非法行为，还是没有得到他们想要的“黑材料”。高沟籍人士吴晓春在《故土情怀》中记述：高沟镇一个叫吴传友的生产队小队长，家被工作队抄了，并看管起来，交待问题。由于不清楚工作队要自己交待的是什么问题，也无法认罪，他被认为是“不老实交待罪行”，因而工作队对其实施非法禁闭，日夜看守，不给饭吃，也不准家里人送饭，还要站石头、站水缸口，如果掉下来，就采取更加过火的行为，反绑悬梁吊打。
吴传友就这样被折磨了整整一个星期，其中两次昏倒在地，又不让与家里任何人见面，在酷刑逼供下只有编造罪行，交待了“十大罪状”中的六条。但工作队一些骨干分子并未就此罢休，采取“查到底”、“追根子”办法，深入开展阶级斗争运动，查清“四类分子”的历史社会关系。他们说：“不敢斗争就是怕报复，你不敢斗争就是向他靠拢，不革命就要变成反革命。”一部分社员“揭发”说：“吴传友的几个兄弟在外面当兵，充当保护伞。”于是工作队又分别给吴传友几个兄弟所在的单位发去控告信，说他们包庇吴传友，阻碍社教运动开展。这引起相关单位高度重视，使吴氏兄弟的政治前途都受到很大影响：他们有的当时正面临部队考察提干，部队首长找其谈话，只能延迟提拔；有的被打成“右派”、“当权派”，“包庇破坏社会主义反革命分子”，并在文革期间受到严重冲击。
在省委、地委不断“升温”、“加压”下，1964年11月，省地两级又从各地抽调大批人员组成工作队，到涟水蹲点，省委书记处书记许家屯也来到涟水，进行第二次社教运动。整个运动都由工作队领导，把基层组织和基层干部撇在一边，秘密扎根串联，经常组织社员开会，要求群众揭发批斗干部问题，广大基层干部处于被斗被整的地位，严重影响了干群关系。
据当时总结材料称，第二次高沟社教运动中全公社被逮捕17人，被判刑9人，被定反坏分子交地方监改5人。先后受处理的党员干部296人，受撤职以上党纪处分78人，其中清除出党13人、开除党籍52人、留党察看9人、撤职4人。党员劝退91人，预备党员除名19人，党员不予登记6人，党员暂缓登记52人。此外，运动中受审查的人员及其亲属自杀的6人。这些数字充分说明高沟事件所造成的严重恶果。
“高沟事件”是在“左”倾错误思想指导下制造的一起冤案。这起冤案造成的后果是严重的，它不仅使得一批基层干部群众遭受打击迫害，而且推动全省四清运动向着“左”的方向发展。受“高沟事件”影响，江苏省又相继出现了沛县“龙堌事件”、无锡县“安镇事件”等“反革命事件”。
高沟社教运动结束不久，就有不少人向当地党委、政府来信来访，要求对高沟事件进行复查，但直到中共十一届三中全会以后，淮阴地委和涟水县委才开始深入调查，并进行详细的档案清理。据《涟水县志》记载，1980年2月淮阴地委向江苏省委作了复查结果报告。1980年6月13日，江苏省委根据实事求是精神与有错必纠原则，批准“高沟事件”的复查报告，正式发出《关于对“高沟事件”平反的通知》，对“高沟事件”中在政治上受迫害的县委书记孙燮华、副县长秦达志、公社书记司德义等5人及其他受牵连的人员予以平反，恢复名誉，使积压16年的错案得到了平反。
