他针对一些人丢下专业下农村的现象说：“军事工程学院是搞尖端技术的，不要天天叫那些青年学生下农村嘛！……主要还是搞你那个尖端，落实在那个尖端学习上。”他还批评了有些院校丢下专业，光学毛选的偏向。他说：“毛选一般都要学……但要区别不同对象，提出不同要求。……有些高等院校，不搞他的专业，甚至像聂总讲的，有些人不敢看专业书了，那就很不好了。”
在红与专的关系上反映出来的另一个问题就是对待知识分子的态度。在院校教育工作会议上有些同志提出，现在在军队院校的科学研究机关的知识分子是不是资产阶级知识分子？有的人认为只有工农出身的，我们自己培养的才能算革命知识分子。罗荣桓明确回答，应该一律称为革命知识分子。他说：“这些人都是经过挑选的，他已经跟着党走了，已经参了军搞尖端，有什么理由还要讲他是资产阶级知识分子呢？”
对“四个第一”中所谓“抓活思想”的问题，罗荣桓也有另一种解释。他说：现在，在有些院校就事论事抓表面现象，甚至抓鸡毛蒜皮，好像抓活思想就排斥了基本理论学习，这也是不对的。抓活思想并不排斥书本知识，尤其是院校，是要多读书的。有的院校提出，强调读书恐怕要回到老路上去。我看，教员就是应该多读点书。
当时，林彪还提出了个“抓两头”，但实际上却只强调上头，叫做上头开方，下头吃药；上头发令，下头就“闻风而动”。对此，罗荣桓很不赞成。他说：“关于抓两头，现在有的只抓一头，抓高头。高头是要抓的……问题是怎么结合。抓高头的东西要指导实践，同时，在实践中对高头的东西提出补充……这是很自然的道理。如果只抓上头的，那就是硬搬硬套，消化不了，就要害肠胃病。”他认为，对“闻风而动”也应当很好作解释。他说：“闻风而动不是要你去乱动，而应当是对上面的决定全面领会，结合具体情况，采取有力措施去贯彻。”
林彪强调上面开方，忽视下面的实际，只抓共性的东西，必然导致政治工作一般化、大呼隆的现象，罗荣桓对此作了尖锐的批评。他认为，在院校和科研单位不能把部队的一套工作方法统统搬去。他说：“你把老教授也拉去开革命军人委员会，那方法是不适当的”，“现在科研部门政治干部的工作方法要来个改变，要适应这种工作对象，适应整个院校教学工作的需要。不要瞎指挥，不要不懂装懂。那些尖端部门的技术问题，就是要尊重专家，向专家学习”。
罗荣桓还认为，即使在连队，也不能运用一般化的工作方法。他指出：几年来，学生入伍的比重越来越大，在连队管理方面却出现了新问题，这就是缺乏管这些有一定文化水平的士兵的经验。他说：据说有个别连队把人家新兵带的书、提琴都收了。他们想，到部队像进学校一样，所以带来许多学习的东西，一来你就把它收了，那怎么行呢？他说，对这些有文化的战士，“不仅是不能封锁，还要开放，要适应他们的要求。比如读书就应该满足，当然要有选择，不要统统去看爱情小说”。
对于这些有文化的学生兵，罗荣桓寄予殷切的希望。他满怀热情地预见道：“他们经过士兵生活的锻炼，又有文化，恐怕我们大部分连排干部和高等军事技术学校的学生要从这些人中培养出来。这是很好的现象，不要怕麻烦。”
由于分歧日益扩大，林彪对罗荣桓越来越不满了。他终于恶狠狠地说：“什么林（彪）罗（荣桓），林罗要分开，林罗从来不是一起的。”
到了1963年，新华社要发表人民解放军领导人的名单。罗瑞卿和萧华都主张公布罗荣桓的任命，林彪仍然不同意。罗荣桓知道后，感慨地说：“看来我这个总政治部主任还是不合法的。”
对于林彪的欺侮，罗荣桓为了党的团结，可以忍耐，可以委曲求全。但是同林彪的原则分歧，却是不能调和的。这正是林彪三番两次打击罗荣桓，直到罗荣桓逝世后仍不放过他的原因。
