当然，在革命高潮将届、武装夺权的大方向下，毛泽东与李立三确有分歧。李对中心城市的暴动更有兴趣，毛作为军事指挥员对敌我力量对比较清楚，没有完全按中央要求，选择了“不打南昌打吉安”并取得成功。《毛泽东传》这样总结：“毛泽东虽也根据中央的指示移师向南昌、长沙推进，对长沙发动了历时16天的围攻，不但没有取得成功，反而造成较大伤亡；但总的说来，他保持着冷静的头脑，认真研究不断变化着的实际情况，尽力避免盲目硬拼，机动灵活地使用兵力。”（金冲及主编《毛泽东传（1893—1949）》，中央文献出版社1996年版）
与“立三路线”相关，毛泽东与彭德怀的红三军团也有过争论。此后几十年毛总是把彭划在“立三路线”一边。1959年庐山会议上毛批评彭：“李立三多长多大，你也不知道，我是知道的。”（李锐《庐山会议亲历记》，南方出版社1999年版）
第二，“立三路线”的源头在莫斯科。早期党的路线和战略多由莫斯科制定，陈独秀、瞿秋白、李立三等实际上是代表全党接受共产国际的指示然后又代表全党为共产国际的错误承担责任。在彭德怀部打下长沙的鼓舞下，8月初李立三主持成立全国总行动委员会，进一步提出准备全国暴动的设想：届时蒙古和苏联可以出兵，将西伯利亚数十万中国工人武装起来，支持中国革命，引起世界大战，而中国革命就可以在世界革命高潮中取得胜利。1930年10月，“共产国际得到了远东局的报告和中央政治局8月初的各次会议的纪录（向忠发、李立三及其他政治局委员在会上皆有对共产国际极为不恭的话）后，发现李立三没有把国际放在眼里，尤其是他竟敢‘指挥斯大林’，要斯大林放弃五年计划准备战争，主张把苏联拖向与日本发生战争的境地，这就不能不使斯大林‘龙颜大怒’了。”（李思慎、刘之昆：《李立三之谜——一个忠诚革命者的曲折人生》，人民出版社2004年版）其实，共产党人是国际主义者，斯大林可以要求中国配合苏联，李立三当然也可以要求苏联配合中国革命，这在理论上是说得通的。张国焘说：“当时斯大林的蛮干歪风，就是促使李立三向左狂奔的主要原因。斯大林既然打着国际主义的幌子，要求一切共产国际的支部服从他，如今他的徒弟李立三以子之矛，攻子之盾，也是合于逻辑的发展。”
毛泽东于1959年说：“立三路线持续也只几个月，白区受到损失，苏区可以说没有损失，红军在这期间还发展了。”“立三路线”有一定的悲剧性，它部分地反映了中国党不能独立自主的困境。李立三不甘于做道具。李一氓记得，在1930年5月上海召开的全国苏维埃大会上，“立三在作报告的时候，脱离稿子说了一句：‘等我们打下武汉的时候，再告诉第三国际。’这一句豪言壮语，立刻传遍了整个房子，甚至于我们这些男男女女的房主人都知道了，真可谓语惊四座。”（李一氓《李一氓回忆录》，人民出版社2000年版）他曾批评共产国际“不了解中国情况”，声称“忠实于国际，遵守纪律是一回事，忠实于中国革命是一回事”。这些都有争取独立自主的意味。
1946年5月李立三回国以后，学习毛著、检讨自己成为其主要工作。1946年6月在党校大礼堂发表的长篇讲话、1947年2月在七届二中全会上的讲话、1956年在“八大”上的讲话等等都自觉配合“路线斗争”的党史模式，以“反面教员”自居。但毛泽东并没有忘记他的错误。1957年在《关于正确处理人民内部矛盾》的报告中，毛当着李立三的面，把他与陈独秀、王明、张国焘并列为“知识分子出坏人的例子”。会后李立三写信申明自己与陈独秀等人的不同，虽然报告正式发表时删去了李立三的名字，但在1957年4月11日的一次谈话中，毛仍然说：中国革命开始时很困难，陈独秀、立三、王明、张国焘跟着别人跑，使中国遭受一个又一个损失。庐山会议提出彭德怀“里通外国”的问题后，康生诬蔑李立三也是“里通外国分子”，毛未予制止，致使这个问题一直纠缠着李立三。为他写传的李思慎感慨不已：“李立三确实犯过错误。对此，李立三一生都在检讨他犯了‘左’倾错误，却不断受到一些比他更‘左’的人的长期打击迫害，因为自己不到4个月的错误，却遭受将近40年的排斥和冷遇，最后还丧失了宝贵的生命…… 这一切究竟是怎样发生的？”
比较明显的一个原因是，毛、李之间只有工作联系而无个人之间的亲和力。1938年，毛泽东在与斯诺谈话时说起与立三的见面的经过：在湖南第一师范期间，我“在长沙一家报纸上登了一个广告，邀请有志于爱国工作的青年和我联系……得到的回答一共有三个半人……‘半’个回答来自一个没有明白表示意见的青年，名叫李立三。李立三听了我说的话后，没有任何具体建议就走了。我们的友谊始终没有发展起来。”（埃德加？斯诺《西行漫记》，三联书店1979年版）
对此重要史实，李立三的回忆是：“我们找到教室去，看见他坐在讲台上，正聚精会神地看书。（毛）主席比我大（6岁），看去好像一个大先生的样子，思想上有些拘束，加上原来在印象中他是一个‘怪人’，就没敢同他谈话。我假装去看墙上贴的课程表，有意悄悄地从他的背后走过去，看见他正在看‘宋史’。我从他身后走过去了，他发现我，就起身下了讲台向我走来，可是我没有与他讲话就很快走开了。”
真相已很难弄清楚，但“友谊始终没有发展起来”则是事实。1946年，去国多年的李立三回到延安，带着激动的心情晋见毛泽东。师哲报告后，毛非常冷漠。“李立三如约来到，毛对勤务员说：‘客人来了，倒杯 茶。’然后对李立三仍是淡淡地说：‘你回来了，好。你在东北情况怎么样？’李立三本来满腔热望，想向毛泽东倾吐衷肠，让毛泽东了解自己的经历和心思，但看见主席不爱听，也就讲不下去了，简单地说了几句就告辞。”政治生涯需要不断的划线站队，个人交往的程度、气质兴趣的异同等等，在政治关系的不断重组中绝不是无足轻重的。
