1961年6月22日，罗荣桓在解放军党的监察委员会第三次会议的讲话中还提出：“党的监察委员会不能只是执行纪律，而且还要维护民主。”他说，有些党的组织就听不得反面意见，只强调执行纪律，不强调有提意见的自由，这样就出现了党内民主生活不正常的现象。因此，必须维护党的民主。
他认为，对思想性质的问题不能压服。他说：“你斗他，他不承认，结果形成僵局，再去压服，弄得思想问题总也不能解决。我们要与人为善，处理思想问题不能简单化。对于干部不要光看到他的缺点，也要看到他的优点。不要攻其一点，不及其余。现在有些干部心情不愉快，思想敞不开，与方法不好有关系。”
罗荣桓同林彪除了在学习毛主席著作这个党风和学风的根本问题上有原则分歧外，在政治和业务、红和专的关系上，观点也不一致。
1960年9月，林彪提出了“四个第一”，即“人的因素第一，政治工作第一，思想工作第一，活的思想第一”，把政治工作强调到了不适当的地位。
由于“四个第一”当时已为毛泽东所肯定，并被写进了1960年《中共中央军委扩大会议关于加强军队政治思想工作的决议》，所以罗荣桓只能尽力从好的方面来理解和解释，力求赋予这一提法以正确的含义，从而减轻其对军队建设的危害。
到1961年夏天，军委扩大会议决议的贯彻已经七八个月了。罗荣桓看了一些反映院校情况的文件，听取了姜思毅在西安电讯工程学院蹲点的情况汇报，感到当时各院校普遍存在的问题是只强调“红”而忽视、贬低“专”。这种贬低已经到了令人不能容忍的地步，罗荣桓称之为“仇视专”。其表现是“白专道路”、“单纯军事观点”、“单纯技术观点”的帽子满天飞，教学质量下降。在政治和业务的关系上，只强调政治挂帅而不提政治工作对业务的保证作用。政治工作中脱离实际的形式主义倾向和一般化的作风大大增长。
针对上述情况，罗荣桓提出，要很好地解释和领会1960年的军委扩大会议决议。如何解释和领会呢？他认为，关键是要运用毛主席的思想——实事求是的思想。
在1961年9月召开的全军院校教育工作会议和11月召开的全军政治工作会议上，罗荣桓在他所作的重要讲话中都做了这种重新解释的工作。
他怎样解释“四个第一”呢？他说：“‘军委扩大会议决议’上有‘四个第一’，政治要与各种具体实践相结合，才有个第一嘛！不结合你怎么叫第一呢？”“如果不把‘四个第一’和具体实际相结合，光提第一，那当然不对。”
在政治和业务的关系上，他坚持政治工作要保证业务的完成。他说：“……高等军事学院，是学指挥打仗的；军事工程学院，是学尖端技术的；通信学院也是学尖端技术的。教学目的很明确。政治工作首先要保证专业的学习。”“我们部队的高级技术学校，培养专门人才，这是一个政治任务，学校政治工作要保证这个任务完成。”他赞成主管国防科技工作的聂荣臻提出的，科技部门的党支部起保证作用的提法。他说：在科技院校和单位中，支部的作用就是要保证教学方针的贯彻，保证科学研究项目的完成。
政治和业务的关系在科研和院校等知识分子集中的单位常表现为红与专的关系。
早在这一年8月，罗东进回家过暑假时，罗荣桓在和他谈话时，了解到在军事工程学院这所专门培养科技人才的学校中，学员们对红与专的问题认识就相当混乱，片面强调红，忽视专业学习。学校里还搞什么满堂红活动，各支部都作了一天读多少毛主席著作、多长时间通读一遍的计划，搞技术作业也要引两句毛主席的语录。可是认真说来，究竟什么是红，红又为了什么，这些青年人并不清楚。一天晚上，罗荣桓和罗东进以及他的几个同学一起谈起了红和专的问题。他对这些青年人说：“你们这些人的责任是很大的，如果将来发生战争，就得要你们拿出东西来。你们这些人的政治任务就是要专，要使自己成为社会主义的专家。红不是空洞的东西，而是要落实到实际工作和斗争中去，对你们学习国防科学技术的人来说，就是要落实到专业上。谁要是真正的红，谁就应当成为一个真正的又红又专的专家，为我国的国防工业作出一些贡献。我们现在非常缺乏专家，我们有许多现代化的企业没有搞好，或是搞坏了，其中一个原因就是缺少专家，缺少科学知识。”他再三鼓励青年们，一定要下决心努力把专业学好。
在全军院校教育工作会议上，他又着重分析了红与专的关系。他说：“红，主要是一个方向问题。红要带领专，要保证专的实现，要帮助专，实现专的要求。一切政治工作离不开这个目的，不应当只强调红，不强调专。红与专不能脱节。专业技术院校如果不用更多的时间学专业技术，就专不了。不专，红是空红。”在讨论总政草拟的《院校政治教育方案》时，他当场指示：在方案上加一句：“‘红’要落实到‘专’。”他又要求负责文字修改的姜思毅将加了这一句话的段落读给他听。
他针对一些人丢下专业下农村的现象说：“军事工程学院是搞尖端技术的，不要天天叫那些青年学生下农村嘛！……主要还是搞你那个尖端，落实在那个尖端学习上。”他还批评了有些院校丢下专业，光学毛选的偏向。他说：“毛选一般都要学……但要区别不同对象，提出不同要求。……有些高等院校，不搞他的专业，甚至像聂总讲的，有些人不敢看专业书了，那就很不好了。”
在红与专的关系上反映出来的另一个问题就是对待知识分子的态度。在院校教育工作会议上有些同志提出，现在在军队院校的科学研究机关的知识分子是不是资产阶级知识分子？有的人认为只有工农出身的，我们自己培养的才能算革命知识分子。罗荣桓明确回答，应该一律称为革命知识分子。他说：“这些人都是经过挑选的，他已经跟着党走了，已经参了军搞尖端，有什么理由还要讲他是资产阶级知识分子呢？”
对“四个第一”中所谓“抓活思想”的问题，罗荣桓也有另一种解释。他说：现在，在有些院校就事论事抓表面现象，甚至抓鸡毛蒜皮，好像抓活思想就排斥了基本理论学习，这也是不对的。抓活思想并不排斥书本知识，尤其是院校，是要多读书的。有的院校提出，强调读书恐怕要回到老路上去。我看，教员就是应该多读点书。
当时，林彪还提出了个“抓两头”，但实际上却只强调上头，叫做上头开方，下头吃药；上头发令，下头就“闻风而动”。对此，罗荣桓很不赞成。他说：“关于抓两头，现在有的只抓一头，抓高头。高头是要抓的……问题是怎么结合。抓高头的东西要指导实践，同时，在实践中对高头的东西提出补充……这是很自然的道理。如果只抓上头的，那就是硬搬硬套，消化不了，就要害肠胃病。”他认为，对“闻风而动”也应当很好作解释。他说：“闻风而动不是要你去乱动，而应当是对上面的决定全面领会，结合具体情况，采取有力措施去贯彻。”
林彪强调上面开方，忽视下面的实际，只抓共性的东西，必然导致政治工作一般化、大呼隆的现象，罗荣桓对此作了尖锐的批评。他认为，在院校和科研单位不能把部队的一套工作方法统统搬去。他说：“你把老教授也拉去开革命军人委员会，那方法是不适当的”，“现在科研部门政治干部的工作方法要来个改变，要适应这种工作对象，适应整个院校教学工作的需要。不要瞎指挥，不要不懂装懂。那些尖端部门的技术问题，就是要尊重专家，向专家学习”。
罗荣桓还认为，即使在连队，也不能运用一般化的工作方法。他指出：几年来，学生入伍的比重越来越大，在连队管理方面却出现了新问题，这就是缺乏管这些有一定文化水平的士兵的经验。他说：据说有个别连队把人家新兵带的书、提琴都收了。他们想，到部队像进学校一样，所以带来许多学习的东西，一来你就把它收了，那怎么行呢？他说，对这些有文化的战士，“不仅是不能封锁，还要开放，要适应他们的要求。比如读书就应该满足，当然要有选择，不要统统去看爱情小说”。
对于这些有文化的学生兵，罗荣桓寄予殷切的希望。他满怀热情地预见道：“他们经过士兵生活的锻炼，又有文化，恐怕我们大部分连排干部和高等军事技术学校的学生要从这些人中培养出来。这是很好的现象，不要怕麻烦。”
由于分歧日益扩大，林彪对罗荣桓越来越不满了。他终于恶狠狠地说：“什么林(彪)罗(荣桓)，林罗要分开，林罗从来不是一起的。”
到了1963年，新华社要发表人民解放军领导人的名单。罗瑞卿和萧华都主张公布罗荣桓的任命，林彪仍然不同意。罗荣桓知道后，感慨地说：“看来我这个总政治部主任还是不合法的。”
对于林彪的欺侮，罗荣桓为了党的团结，可以忍耐，可以委曲求全。但是同林彪的原则分歧，却是不能调和的。这正是林彪三番两次打击罗荣桓，直到罗荣桓逝世后仍不放过他的原因。
