任何经济互相联系的地区都存在着两种关系——竞争与互补，然而在CEPA的框架下，北京与港、澳之间是互补大于竞争。
目前，不少企业总部从新加坡、香港等地迁到上海，这说明香港、澳门与上海存在着竞争关系，北京市委研究室副主任余仲夫估计，随着CEPA生效，这种竞争会更加明显。造成这一现象的主要原因在于上海与港、澳地区的发展存在一定的相似性，都是国内、国际经济的交汇处，只是在区位上有一些差别。余仲夫评价，在中国发展总部基地进程中，港、澳地区主要是起跨国公司在远东地区的桥头堡作用以及中国企业走向国际的跳板作用，而上海是次桥头堡和跳板。香港、澳门与上海如果进行合理的调试，可能会成为中国的双前锋，这是比较理想的状态，而北京与香港、澳门则可以实现互补或者错位的发展。
这种优势互补可以在很多方面实现，不仅香港产品可以以零关税进入内地，北京企业也可以利用香港的金融优势和全球的商贸网络，以香港为起点，拓展国际业务。此外，CEPA的实施可促进内地通过香港引资，只要符合CEPA规定，通过一定的程序，可以以香港公司的身份进入内地发展，这对外国中型企业有很大的吸引力。
长期以来，澳门与内地保持着紧密的经贸联系，内地不仅是澳门最大的进口市场，在出口市场也排第三。澳门注册核数师工会副会长、立法会议员荣永恩说，CEPA更加明确港澳产业发展定位，两地合作更加的协调。澳门利用相对较低的区位成本，发展工业区和旅游业的优势，加强与内地的联系，寻求双赢的发展。
有利于促进服务业发展
之所以说北京与港、澳互补大于竞争，还在于北京与香港有着类似的经济结构，即以服务业为主的第三产业占很大比重。余仲夫说，“1994年首都经济就形成了321的局面，中国大陆第一次有第三产业超过第二产业，其中很重要的因素就在于北京是中国各类总部的所在地，即政治、文化、经济、教育、科技，国外的使馆、办事处等等，他们产生巨大服务需求，产生直接、间接的各种经济活动。”
总部经济的发展与服务业密不可分，而作为以服务业为主的中心城市，加入CEPA之后，香港毫无疑问会在总部经济中大有作为。香港成熟的市场经济体制、与国际接轨的法律体制、严格的监管测试、透明度很高的市场管理制度等等，均可以很好地促进北京服务业水平。香港中华工商联合会会长杨孙西说，香港是典型服务经济体，CEPA为香港服务业开拓了更大的市场空间，北京正在筹办奥运，有了CEPA，香港企业会为北京客户提供全面优质的服务。丰台区区长张大力说，“总部基地是一个集商务停机坪、五星级酒店、总部小公寓、高尔夫俱乐部、康体中心等设施，和5000多座独栋总部楼于一体的企业总部聚集地。建成后的总部基地将会吸引500多家跨国公司和大型企业的总部入驻。它的建设与发展，将需要大批优质的中介服务机构进入以提供国际化水准的咨询和服务，为港、澳服务类企业提供了更多机遇。”
有利开拓北方市场
北京和香港一北一南，分别作为华北地区和珠江三角洲服务中心，其地理和商业优势显而易见，很多跨国公司选择这两地设立总部、办事处，就是看中两地经济辐射面广。香港总商会中国委员会主席李大壮认为，CEPA实施后，对有志开拓北方市场的香港企业来说，北京是最好的选择。北京市的人口消费力强，市场潜力大，并取得了2008年奥运会主办权。而北京一些发展速度很快的大企业在寻求海外上市时，在CEPA的协调下，北京和香港的合作会取得互补互利的双赢模式。
北京的总部经济始于上世纪90年代，而香港的总部经济可以说比北京早了十年，从上世纪80年代开始，制造企业就已开始将总部设在香港，而把生产线搬移到珠江三角洲。香港中华工商联合会会长杨孙西此次带了一个由二十多人组成的团体参加“CEPA香港澳门（内地）推广周”，他说，这些厂商成员都把这看作为很好的机会，他们有意把企业总部放在北京，这样在华北、东北，甚至在西部的业务都可以通过北京总部去开拓，对开拓俄罗斯市场、东欧市场也是很有利的。
CEPA的签订和实施为香港公司提供了庞大的产品和服务市场，以及转型的新契机，也为香港和北京的经贸合作架起了更高层次、更广阔的平台。北京是华北的经济枢纽，正成为刺激中国经济增长的重点地区，也势必成为港商在内地发展的必争之地。杨孙西说，在CEPA框架下，北京是香港在华北最主要的合作对象，香港以自身的总部经济优势，可以作为北京乃至外国企业的中介桥梁，开展多边的互利关系。
以总部经济的理论反观北京现在区域经济的发展，可以看到北京已初步形成几大总部经济区：北京CBD地区的产业定位是以吸引跨国公司总部和地区总部为重点，以发展现代服务业为主导，以培育国际金融产业为龙头；中关村则是科技企业以及科技研发相对集中的地区；亦庄是现代加工、制造、装配的中心；丰台总部基地的定位则是吸纳国内外大中型企业，建成以管理、销售为主的总部基地。余仲夫认为，北京应该形成多中心、网络式的总部经济。要实现这一目标，北京应避免无序竞争，制定有针对性的新政策，避免壁垒，建立进京企业的标准，实行市民待遇。此外，北京市在20多年的改革开放发展当中，制定了不少政策，要使这些政策能够相互衔接，发挥集成的效应。要加强总部经济重点发展地区的规划、计划支持和配套设施的建设，实现招商、情商、富商。
